袁崇煥殺了毛文龍以後，驚駭他的部下叛變，因而增加他們的餉銀，但是島上的人冇有主帥，民氣背叛，難以利用，而後會導致叛離。袁崇煥上書給明廷：“東江鎮是管束仇敵所必須依托的。現肯定兩協的體例，馬軍十營，步軍五營，每年餉銀四十二萬，米十三萬六千。”天子朱由檢對兵員減少軍餉卻增加的事感情應疑慮，但是一看是袁崇煥奏請的，也就承諾了他。[33]

殺毛文龍

崇禎二年（1629年），袁崇煥以東江毛文龍固然能管束後金軍，但毛文龍破鈔的賦稅實在太大，袁崇煥上書要求讓朝廷派人來辦理毛文龍部的軍餉，毛文龍不喜好有文官監製著本身，因而上書辯論。而後毛文龍前來拜見袁崇煥，袁崇煥以上賓之禮歡迎毛文龍，毛文龍也不謙讓，袁崇煥因而決定殺掉毛文龍。[29]

而後袁崇煥聘請毛文龍旁觀將士射箭，預先在山上設置好帳篷，令參將謝尚政等率兵埋伏在帳外。毛文龍到了以後，他的部下冇能入內。袁崇煥說：“我淩晨就走，你擔負外洋的重托，請受我一拜。”毛文龍回拜以後倆人開端登山。路上袁崇煥問侍從官員的姓名，大多都是姓毛的。毛文龍說：“這些都是我的孫子。”袁崇煥笑著說：“你們在外洋悠長勞累，每月祿米隻要一斛，說來痛心，也受我一拜，請為國度極力。”世人都叩首伸謝。[31]

尤世祿剛要整備解纜，後金軍又分兵來攻寧遠，袁崇煥與劉應坤、畢自肅率將士登上城樓戍守，在濠溝內排佈陣營，用炮遠間隔轟擊。而滿桂、尤世祿、祖大壽在城外與後金軍搏戰，死傷比較多，滿桂也中箭負傷。[23]

己巳之變

但後金軍退兵後，袁崇煥卻被定罪。當初後金軍進入的關隘是屬於薊遼總理劉策所統領，而袁崇煥得知後金軍入關，直逼都城，因而千裡迢迢趕來救濟，自以為有功無罪，但是朝中大臣卻有很多人以為是袁崇煥放清兵入關，因而紛繁誹謗袁崇煥與後金軍有勾搭，朱由檢對此也很思疑。此時後金軍也設想誹謗，說袁崇煥與後金軍有奧妙商定。十仲春，朱由檢將袁崇煥下獄。[39]

天啟七年（1627年），明熹宗駕崩，明思宗朱由檢即位，設想將魏忠賢撤除，並把之前冒領軍功的人削職。在朝中大臣的建議下，袁崇煥得以重新被啟用，被任命為兵部尚書兼任右副都禦史，督師薊遼、兼督登萊、天津軍務。同年七月，袁崇煥返回都城，上疏陳述兵事，朱由檢於平台召見袁崇煥，袁崇煥宣稱本身能夠五年複遼，朱由檢對此大加讚美。給事中許譽卿問袁崇煥複遼的戰略，袁崇煥卻說是用這類話安撫皇上。許譽卿說：“皇上賢明，怎麽能夠隨便應對。他日遵循刻日尋求效果，你該怎麽辦？”袁崇煥也感覺本身講錯了，因而上奏說：“五年複遼的打算不輕易完成，陛下既然拜托給臣，臣怎麽敢推讓這艱钜的任務。但是五年內，戶部轉運軍餉，工部供應東西，吏部用人，兵部調兵選將，必須朝廷表裡事事共同，才氣有所勝利。”朱由檢因而讓四部的臣遵循袁崇煥的話辦。[26]