袁崇煥接著說幾件毛文龍違法做的事，毛文龍與其辯論，袁崇煥厲聲斥責毛文龍，命令將毛文龍的冠服去除並捆綁起來，毛文龍表示不平，袁崇煥因而列數毛文龍的十二條罪行，拿出尚方寶劍，將毛文龍斬殺。[32]

寧錦之戰後，滿桂、趙率教等人都獲得了應有的犒賞，但袁崇煥卻因為魏忠賢讓他的翅膀彈劾袁崇煥不救濟錦州，論功行賞時，隻給袁崇煥增加一級官階。尚書霍維華為此感到不平，上疏祈求辭去廕襲子孫的犒賞，但魏忠賢不準。七月，袁崇煥去官回籍。明廷以王之臣代替袁崇煥為督師兼任遼東巡撫，駐紮寧遠。

袁崇煥驚駭本身去往邊關今後，朝廷中不免有人會再次誹謗本身，因而將此事奉告朱由檢，朱由檢在大學士劉鴻訓等人的建議下，收回王之臣、滿桂的尚方寶劍，將其賜給袁崇煥。鑒於此前熊廷弼、孫承宗都因為遭到架空讒諂，使本身的誌願難以伸展，袁崇煥因而又上書說：“規複遼地的戰略，不過乎臣往年所提出的以遼人守遼土，以遼土養遼人，戍守是正規的戰略，攻戰是變通的戰略，和議是幫助戰略的說法。法律在循序漸進而不在突變大進，在尋務實效而不在妄圖浮名。這是臣與諸邊防官員所能做到的。至於挑選用人的入，與被人用的人，都是皇上把握此中的關頭。怎麽才氣用人而不三心二意，信賴而不思疑？因為把握邊防大臣與朝廷大臣分歧，軍中可驚可疑的事特彆多，隻該當議論成敗的大局，不必摘取一言一行的藐小不對。事情的任務既然嚴峻，招致痛恨實在多。各種無益於邊陲的事情，都是倒黴於本身的。何況謀取仇敵急，仇敵亦從而誹謗，是以作邊陲的大臣很難。陛下珍惜臣體味臣，臣何必過於疑慮驚駭，但心中有所危懼，不敢不奉告。”朱由檢發優詔答覆袁崇煥，並犒賞蟒袍玉帶、銀幣，但袁崇煥上疏推不接管辭蟒袍玉帶。[27]

同年蒲月，袁崇煥以閱兵為由去見毛文龍，毛文龍設席與袁崇煥喝酒，倆人常常喝到半夜，毛文龍冇有發覺到袁崇煥的來意。袁崇煥發起變動虎帳軌製，設置監察官員，毛文龍對此建議感到不歡暢，袁崇煥用回籍來打動他，毛文龍說：“我向來有這個意義，但隻要我曉得遼東的事件，遼東的事情處理後，朝鮮衰弱，能夠攻擊占有。”袁崇煥對毛文龍的答覆感到不歡暢。[30]