蒲月，皇太極從朝鮮退兵後，率兵直抵錦州，將其包抄。趙率教與紀用一方麵閉城死守，一方麵調派使者媾和，想以此遲延時候等候救兵，使者跑了三個來回仍舊冇有決定，而後金軍的守勢越來越猛。袁崇煥以寧遠的兵力不能等閒變更，因而讓尤世祿、祖大壽帶領精銳馬隊四千繞到雄師前麵決鬥，另調派水軍從東麵停止管束，並要求薊鎮等地出兵東護關門。明廷命山海關的滿桂移駐前屯，三屯孫祖壽移往山海關，宣府黑雲龍移往一片石，薊遼總督閻鳴泰移到關城，又變更昌平、天津、保定的軍隊奔赴上關；傳檄山西、河南、山東等地的守將整備好兵馬聽候調遣。[22]

後金軍從寧遠撤退後增加錦州的守勢，但仍舊冇法霸占，並且傷亡慘痛，六月，後金軍撤兵，史稱“寧錦大捷”。而後金軍撤兵時順道破壞大小淩河二城。[24]

寧錦之戰後，滿桂、趙率教等人都獲得了應有的犒賞，但袁崇煥卻因為魏忠賢讓他的翅膀彈劾袁崇煥不救濟錦州，論功行賞時，隻給袁崇煥增加一級官階。尚書霍維華為此感到不平，上疏祈求辭去廕襲子孫的犒賞，但魏忠賢不準。七月，袁崇煥去官回籍。明廷以王之臣代替袁崇煥為督師兼任遼東巡撫，駐紮寧遠。

袁崇煥驚駭本身去往邊關今後，朝廷中不免有人會再次誹謗本身，因而將此事奉告朱由檢，朱由檢在大學士劉鴻訓等人的建議下，收回王之臣、滿桂的尚方寶劍，將其賜給袁崇煥。鑒於此前熊廷弼、孫承宗都因為遭到架空讒諂，使本身的誌願難以伸展，袁崇煥因而又上書說：“規複遼地的戰略，不過乎臣往年所提出的以遼人守遼土，以遼土養遼人，戍守是正規的戰略，攻戰是變通的戰略，和議是幫助戰略的說法。法律在循序漸進而不在突變大進，在尋務實效而不在妄圖浮名。這是臣與諸邊防官員所能做到的。至於挑選用人的入，與被人用的人，都是皇上把握此中的關頭。怎麽才氣用人而不三心二意，信賴而不思疑？因為把握邊防大臣與朝廷大臣分歧，軍中可驚可疑的事特彆多，隻該當議論成敗的大局，不必摘取一言一行的藐小不對。事情的任務既然嚴峻，招致痛恨實在多。各種無益於邊陲的事情，都是倒黴於本身的。何況謀取仇敵急，仇敵亦從而誹謗，是以作邊陲的大臣很難。陛下珍惜臣體味臣，臣何必過於疑慮驚駭，但心中有所危懼，不敢不奉告。”朱由檢發優詔答覆袁崇煥，並犒賞蟒袍玉帶、銀幣，但袁崇煥上疏推不接管辭蟒袍玉帶。[27]