該年四月，皇太極在瀋陽正式停止稱帝大典，朝鮮使臣羅德憲、李廓拒不下拜。皇太極非常憤恚，以為這是朝鮮國王成心成仇，決定舉兵再征朝鮮。該年十仲春二日，皇太極親身統帥十萬雄師親征朝鮮。清軍渡江後，揚野戰之長，舍堅城而不攻，長驅而南，僅僅十二天便到達王都城下。京畿以內“高低惶惑，罔知所為，都城士大夫，扶老攜幼，哭聲載路”。仁祖再次將王妃、王子和大臣老婆送往江華島出亡，本身則帶領文武百官退守南漢山城等候各路勤王軍的到來，同時派出崔鳴吉等人赴清營構和，遲延時候。朝鮮請和書中寫道“朝鮮國王謹上言於大清寬溫仁聖天子：小邦獲戾大國，自速兵禍，居住孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之約，恤小邦生靈之命，容令小邦改圖改過，則小邦之洗心處置，自今始矣。必欲窮兵，小邦理窮勢極，以死自期罷了”如此。皇太極見朝鮮君臣乞降之切，毫無鬥誌，乃對其迫降，命令清軍包抄南漢山城，砍木列柵，繞城駐守，山城內糧草斷絕，不得不殺馬充饑。各路勤王軍隊也被清軍擊敗，朝鮮君臣隻要坐困孤城。仁祖曾經爬到南漢山城的南門，看到城下清軍黑壓壓一片，不由長歎。清軍在望月峰上升白旗書招降二字，又致書仁祖，令其出城投降。仁祖則答信“重圍未解，帝怒方盛”，以是不能出城請降，“前人有城上拜天子者，蓋以禮有不成廢，而兵威亦可駭也……”。見朝鮮方麵還在膠葛於出城投降的細節，不耐煩的皇太極命令用火炮攻城，同時清軍又攻占了江華島，俘虜王妃、王子、宗室76人，動靜傳來，見局勢已去，仁祖隻好乞降。

1636年丙子（明崇禎九年，朝鮮仁祖十四年，後金崇德元年），皇太極正式由汗改稱天子，改國號大清，族名滿洲。他事前將此事通報朝鮮，但願朝鮮參與勸進。朝鮮聞訊大嘩，堆集近10年的仇恨、熱誠情感一併迸發。朝鮮臣僚紛繁痛切陳詞，“使彼虜得知我國之所秉守，不成以乾紀亂常之事有所犯焉。則雖以國斃，能夠有辭於天下後代也”。在一片慷慨激昂的氛圍下，仁祖拒不訪問後金使團，不接管其來書。後金使團憤然分開漢城，沿途百姓“觀者塞路，頑童或擲瓦礫以辱之”。

戰後，朝鮮仍舊視明朝為宗主國，並派人上表，將戰役顛末奉告明廷。