十三山災黎十餘萬，久困不能出。大學士孫承宗行邊，崇煥請：“將五千人駐寧遠，以壯十三山勢，彆遣驍將救之。寧遠去山二百裡，便則進據錦州，不然退守寧遠，何如委十萬人置度外？”承宗謀於總督王象乾。象乾以關上軍方沮喪，議發插部護關者三千人往，承宗覺得然，告在晉。在晉竟不能救，眾遂冇，脫歸者僅六千人罷了。及承宗駁重城議，集將吏謀所守。閻鳴泰主覺華，崇煥主寧遠，在晉及張應吾、邢慎言持不成，承宗竟主崇煥議。已，承宗鎮關門，益倚崇煥，崇煥內拊軍民，外飭邊備，功勞大著。

八月中，我□□高天子晏駕，崇煥遣使吊，且以覘真假。我太宗文天子遣使報之，崇煥欲媾和，以書附使者還報。

來歲迄工，遂為關外重鎮。桂，良將，而崇煥勤職，誓與城存亡；又善撫，將士樂為極力。由是商旅輻湊，流移駢集，遠近望為樂士。遭父憂，奪情視事。四年玄月，偕大將馬世龍、王世欽率水陸馬步軍萬二千，東巡廣寧，謁北鎮祠，曆十三山，抵右屯，遂由水道泛三岔河而還。尋以五防敘勞，進兵備副使，再進右參政。

《清太宗實錄》放捉獲漢人，入寧遠往告:“吾以二十萬兵攻此城，破之必矣！爾眾官若降，即封以高爵。”寧遠道袁崇煥答曰:“汗何故遽加兵耶?寧、錦二城，乃汗所棄之地，吾規複之，義當死守，豈有降理！乃謂來兵二十萬，虛也，吾已知十三萬，豈其以爾為寡乎！”

及崇煥以書聞，舉朝大喜，立擢崇煥右僉都禦史。

蒲月十一日大清兵直抵錦州，四周合圍。率教偕中官用嬰城守，而遣使媾和，欲緩師以待救，使三返不決，圍益急。崇煥以寧遠兵不成動，選精騎四千，令世祿、大壽將，繞出雄師後決鬥；彆遣海軍東出，相管束；且請發薊鎮、宣、大兵，東護關門。朝廷已命山海滿桂移前屯，三屯孫祖壽移山海，宣府黑雲龍移一片石，薊遼總督閻鳴泰移關城；又發昌平、天津、保定兵馳赴上關；檄山西、河南、山東守臣整兵聽調。

崇煥又言：“以臣之力，製全遼不足，調眾口不敷。一出國門，便成萬裡，忌能妒功，夫豈無人。即不以權力掣臣肘，亦能以定見亂臣謀。”帝起立聆聽，諭之曰：“卿無疑慮，朕自有主持。”大學士劉鴻訓等請收還之臣、桂尚方劍，以賜崇煥，假之便宜。帝悉從之，賜崇煥酒饌而出。崇煥之前此熊廷弼、孫承宗皆為人排構，不得竟其誌，上言：“規複之計，不過臣昔年以遼人守遼土，以遼土養遼人，守為正著，戰為奇著，和為旁著之說。法在漸不在驟，在實不在虛，此臣與諸邊臣所能為。至用人之人，與為人用之人，皆至尊司其鑰。何故任而勿貳，信而勿疑？蓋馭邊臣與廷臣異，軍中可驚可疑者殊多，但當論成敗之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，為怨實多，諸無益於封疆者，皆倒黴於此身者也。況圖敵之急，敵亦從而間之，是覺得邊臣甚難。陛下愛臣知臣，臣何必過疑懼，但中有所危，不敢不告。”帝優詔答之，賜蟒玉、銀幣，疏辭蟒玉不受。