及崇煥以書聞，舉朝大喜，立擢崇煥右僉都禦史。

至五年夏，承宗與崇煥計，遣將分據錦州、鬆山、杏山、右屯及大、小淩河，繕城郭居之。自是寧遠且為本地，開疆複二百裡。十月，承宗罷，高第來代，謂關外必不成守，令儘撤錦、右諸城守具，移其將士於關內。督屯通判金啟倧上書崇煥曰：“錦、右、大淩三城皆前鋒要地。倘出兵退，既安之民庶複播遷，已得之封疆再淪冇，關表裡堪幾次退守耶！”崇煥亦力圖不成，言：“兵法有進無退。三城已複，安可輕撤？錦、右擺盪，則寧、前震驚，關門亦失保障。今但擇良將守之，必無他慮。”第意堅，且欲並撤寧、前二城。崇煥曰：“我寧前道也，官此當死此，我必不去。”第無以難，乃撤錦州、右屯、大、小淩河及鬆山、杏山、塔山守具，儘驅屯兵入關，委棄米粟十餘萬，而滅亡載途，哭聲震野，民怨而軍益不振。崇煥遂乞終製，不準。十仲春進按察使，視事仍舊。

三年玄月，承宗決守寧遠。僉事萬有孚、劉詔力阻，不聽，命滿桂偕崇煥往。初，承宗令祖大壽築寧遠城，大壽度中朝不能遠守，築僅十一，且疏薄不中程。崇煥乃定規製：高三丈二尺，雉高六尺，址廣三丈，上二丈四尺。大壽與參將高見、賀謙分督之。

世祿等將行，大清已於二十八日分兵趨寧遠。崇煥與中官應坤、副使畢自肅督將士登陴守，列營濠內，用炮距擊；而桂、世祿、大壽大戰城外，士多死，桂身被數矢。

時率教駐錦州，護版築，朝命尤世祿來代，又以輔為前鋒總兵官，駐大淩河。

我大清知經略易與，六年正月舉雄師西渡遼河，二十三日抵寧遠。崇煥聞，即偕大將桂，副將左輔、朱梅，參將大壽，守備何可剛等集將士誓死守。崇煥更刺血為書，激以忠義，為之下拜，將士鹹請效死。乃儘焚城外民居，攜守具入城，清野以待。令同知程維楧詰奸，通判啟倧具守卒食，辟道上行人。檄前屯守將趙率教、山海守將楊麒，將士逃至者悉斬。

《清太宗實錄》放捉獲漢人，入寧遠往告:“吾以二十萬兵攻此城，破之必矣！爾眾官若降，即封以高爵。”寧遠道袁崇煥答曰:“汗何故遽加兵耶?寧、錦二城，乃汗所棄之地，吾規複之，義當死守，豈有降理！乃謂來兵二十萬，虛也，吾已知十三萬，豈其以爾為寡乎！”