來歲迄工，遂為關外重鎮。桂，良將，而崇煥勤職，誓與城存亡；又善撫，將士樂為極力。由是商旅輻湊，流移駢集，遠近望為樂士。遭父憂，奪情視事。四年玄月，偕大將馬世龍、王世欽率水陸馬步軍萬二千，東巡廣寧，謁北鎮祠，曆十三山，抵右屯，遂由水道泛三岔河而還。尋以五防敘勞，進兵備副使，再進右參政。

忠賢因使其黨論崇煥不救錦州為老氣，崇煥遂乞休。中外方爭頌忠賢，崇煥不得已，亦請建祠，終不為所喜。七月，遂允其歸，而以王之臣代為督師兼遼東巡撫，駐寧遠。及敘功，文武增秩賜廕者數百人，忠賢子亦封伯，而崇煥止增一秩。尚書霍維華不平，疏乞讓廕，忠賢亦不準。

至五年夏，承宗與崇煥計，遣將分據錦州、鬆山、杏山、右屯及大、小淩河，繕城郭居之。自是寧遠且為本地，開疆複二百裡。十月，承宗罷，高第來代，謂關外必不成守，令儘撤錦、右諸城守具，移其將士於關內。督屯通判金啟倧上書崇煥曰：“錦、右、大淩三城皆前鋒要地。倘出兵退，既安之民庶複播遷，已得之封疆再淪冇，關表裡堪幾次退守耶！”崇煥亦力圖不成，言：“兵法有進無退。三城已複，安可輕撤？錦、右擺盪，則寧、前震驚，關門亦失保障。今但擇良將守之，必無他慮。”第意堅，且欲並撤寧、前二城。崇煥曰：“我寧前道也，官此當死此，我必不去。”第無以難，乃撤錦州、右屯、大、小淩河及鬆山、杏山、塔山守具，儘驅屯兵入關，委棄米粟十餘萬，而滅亡載途，哭聲震野，民怨而軍益不振。崇煥遂乞終製，不準。十仲春進按察使，視事仍舊。

《明史·袁崇煥傳》：三月，複設遼東巡撫，以崇煥為之。魏忠賢遣其黨劉應坤、紀用等出鎮。崇煥抗疏諫，不納。敘功，加兵部右侍郎，賚銀幣，世廕錦衣千戶。

未幾，熹宗崩。莊烈帝即位，忠賢伏法，削諸冒功者。廷臣爭請召崇煥。其年十一月擢右都禦史，視兵部添注左侍郎事。崇禎元年四月，命以兵部尚書兼右副都禦史，督師薊遼、兼督登萊、天津軍務，所司催促上道。七月，崇煥入都，先奏陳兵事，帝召見平台，慰勞乃至，谘以方略。對曰：“方略已具疏中。臣受陛下特眷，願假以便宜，計五年，全遼可複。”帝曰：“複遼，朕不吝封侯賞。卿儘力解天下倒懸，卿子孫亦受其福。”崇煥頓首謝。帝退少憩，給事中許譽卿叩以五年之略。崇煥言：“聖心焦勞，聊以是相慰耳。”譽卿曰：“上賢明，安可漫對。異日按期責效，何如？”崇煥憮然自失。頃之，帝出，即奏言：“東事本不易竣。陛下既委臣，臣安敢辭難。但五年內，戶部轉軍餉，工部給東西，吏部用人，兵部調兵選將，須中外事事呼應，方克有濟。”帝為飭四部臣，如其言。