後金方麵，皇太極三番五次派密使前來，提示祖大壽不要健忘之前的商定，馬上脫手奪下錦州城。祖大壽以各種來由敷衍，並且多次與清兵苦戰。皇太極對留在後金虎帳中的祖大壽之子祖可法等人，一向以禮相待，並且頻繁給祖大壽寫信。

後金皇太極曾經給祖大壽寫信，商討調派使者記念明熹宗之喪，並且恭賀新君崇禎即位，祖大壽複書回絕了皇太極的要求。[7]

祖大壽於1620年（泰昌元年）為官，授職靖東營遊擊，曾被經略熊廷弼上奏表揚。1621年（天啟元年）為廣寧（遼寧北鎮）巡撫王化貞部下，任職中軍遊擊。[4-5]

因而皇太極又親身寫信給祖大壽，他解釋說：“疇昔殺遼民確有其事，我深為悔怨，我們早就不那樣做了。至於永平屠城那是二貝勒阿敏所為，他是以也遭到了嚴懲，但願你不要存此成見。但祖大壽等還是不信。

城中糧草僅夠幾天之用，圍了不幾天城中就斷糧了。城中將士無不驚駭萬狀，祖大壽作過幾次摸乾脆的突圍，都被金兵殺了歸去。無法之下，隻好坐困愁城，盼著援兵。

1630年（崇禎三年）春，後金軍霸占明朝永劃一四城，皇太極傳聞祖大壽的族人居住在永平三十裡村，就號令軍隊去抓人，獲得祖大壽一個侄子及其親戚家眷。皇太極給祖大壽侄子一所室第，並派兵監督。

跟著祖大壽職位的敏捷上升，祖氏滿門都獲封官職。祖大壽的兄弟祖大樂、祖大成、祖大弼，子侄祖澤遠、祖澤沛、祖澤盛、祖澤法、祖澤潤、祖可法等，都是上自總兵、下至副將、參將、遊擊的各級軍官，分駐寧遠、大淩河（今遼寧淩海市）、錦州諸城。為表揚祖氏世代鎮遼的功勞，明朝崇禎天子即位後，特命於寧遠城內敕建祖氏四世鎮遼的功德牌坊。[4]

皇太極打錦州、寧遠不下，便竄改了計謀，於1629年（崇禎二年）農曆十月率十萬雄師從蒙古方向攻入長城，一向打到北都城下。當時，明朝軍隊主力都在山海關外布守，袁崇煥急率祖大壽馳援北都城，並在廣渠門外與皇太極展開苦戰。孤軍深切的皇太極怕袁崇煥與北都城表裡合擊，不得不撤兵而走，清人燒燬明朝的大量原始記錄，為神化本身編造謊言說臨走時佈下所謂反間計。崇禎天子將袁崇煥下獄問罪，祖大壽既寒心又氣憤，率部東走，崇禎天子無法之下讓袁崇煥寫信招回祖大壽，孫承宗也遣使安撫，請祖大壽建功贖袁崇煥之罪，祖大壽便又回到了關內。[8]