固然京都的“尊王攘夷派”遭到擯除，但是處所強藩的“尊王攘夷”還是如火如荼。長州藩和薩摩藩是處所“尊王攘夷”的中間，他們擯除了幕府派駐本地的官員，對美、英等國的船隻和職員停止炮擊和殛斃。這一行動引發了西方列強的不滿，美、英、法、荷等四國對長州藩和薩摩藩停止了峻厲的抨擊，迫使兩藩屈就，並要求補償戰役喪失。而此時，對“尊王攘夷”愈演愈烈的長州藩和薩摩藩激烈不滿的幕府也策動了對兩藩的征討。在內乏外攻之下，長州藩和薩摩藩隻好向幕府屈就，保守權勢重新把握藩政，“尊王攘夷”誌士被迫流亡。

鬥爭的得勝使“尊王攘夷派”熟諳到若想抵抗本國侵犯，使本國獨立強大，必須先打倒軟弱無能的幕府。“尊王攘夷派”隨即竄改計謀，由“攘夷派”轉化成了“倒幕派”。1867年1月30日，孝明天皇歸天，16歲的睦仁太子即位。在倒幕派的鼓勵和支撐下，1867年12月9日，睦仁天皇實施“王政複古”，拔除攝政、關白、幕府，設立“總裁”、“議定”和“參與”三個新職務；公佈《王政複古大號令》作為施政綱領。