鬥爭的得勝使“尊王攘夷派”熟諳到若想抵抗本國侵犯，使本國獨立強大，必須先打倒軟弱無能的幕府。“尊王攘夷派”隨即竄改計謀，由“攘夷派”轉化成了“倒幕派”。1867年1月30日，孝明天皇歸天，16歲的睦仁太子即位。在倒幕派的鼓勵和支撐下，1867年12月9日，睦仁天皇實施“王政複古”，拔除攝政、關白、幕府，設立“總裁”、“議定”和“參與”三個新職務；公佈《王政複古大號令》作為施政綱領。

佩裡武力叩關，使得德川幕府突破常例，問政於京都的孝明天皇，這一行動不但進步了天皇的職位，也透暴露日趨式微的幕府統治正在慢慢落空本身的權威。跟著大量攘夷派人士堆積到京都天皇的麾下，其對峙的“攘夷論”看法與本來就在京都占有統治職位的“尊王”思惟相互融會，構成了儘忠天皇，擯除外夷的“尊王攘夷”思惟。

為了替死去的誌士報仇，水戶、薩摩兩藩的“攘夷派”誌士在1860年3月24日建議了一次暗害行動。他們的目標就是形成“安政大獄”的幕後黑手井伊直弼。這一每天空飄著細細的白雪，17個水戶藩誌士人和1個薩摩藩誌士埋伏在井伊直弼宅邸四周的櫻田門，乘機行刺。當井伊直弼乘坐寵兒由60人構成的保護隊從家中出來時，誌士們策動了突襲。固然井伊直弼的保護在人數上占有上風，但因事出俄然，保護一時冇有反應過來，誌士們操縱這一機會，接連砍翻幾名保護，直接衝到寵兒裡，砍下井伊直弼的首級，然後四散竄匿。這一過程中，有幾名誌士前後被砍成重傷，後切腹他殺而死。有8人帶傷向官府自首，2人在流亡途中被幕府抓捕，1人於流亡兩年後他殺，隻要2人在流亡後得享餘年。

就汗青的經曆而言，新期間的開啟必然充滿了諸多的險難與波折，常常交叉著奮進與屈辱的汗青，而唯有如此，新期間的到來才帶有更多的締造性。新體製的締造、新餬口的締造、乃至於新百姓的締造，如同鳳凰涅槃，浴後重生，以新的姿勢麵對這波瀾壯闊的期間。無疑，對於明治維新期間的日本來說，它必將接受如許的煎熬。

固然京都的“尊王攘夷派”遭到擯除，但是處所強藩的“尊王攘夷”還是如火如荼。長州藩和薩摩藩是處所“尊王攘夷”的中間，他們擯除了幕府派駐本地的官員，對美、英等國的船隻和職員停止炮擊和殛斃。這一行動引發了西方列強的不滿，美、英、法、荷等四國對長州藩和薩摩藩停止了峻厲的抨擊，迫使兩藩屈就，並要求補償戰役喪失。而此時，對“尊王攘夷”愈演愈烈的長州藩和薩摩藩激烈不滿的幕府也策動了對兩藩的征討。在內乏外攻之下，長州藩和薩摩藩隻好向幕府屈就，保守權勢重新把握藩政，“尊王攘夷”誌士被迫流亡。