1358年4月30日，足利尊氏病故，時年54歲，埋在京都的衣笠山下的等侍寺內。足利尊氏身後，其子足利義詮繼任將軍，在執事斯波義將的幫部下，足利義詮安定了幕府統治，並慢慢壓抑住了南朝權勢。

1339年8月16日，53歲的後醍醐天皇因病歸天。相傳他臨死前，一手握著《法華經》，一手撫劍，還立下遺詔：“縱領玉骨已埋南山，靈魂亦當常望北闕。”是以，後醍醐天皇的陵墓也與普通的朝南座北的傳統葬式不一樣，而是朝北坐南安葬。後醍醐天皇身後冇多久，跟隨他的幾個南朝聞名武將也接踵戰死，南朝彷彿“氣數已儘”，但是因為足利尊氏與其弟足利直義的內杠，南朝又殘喘了50多年。