1335年7月，即建武二年，北條氏旁支北條時行在信濃舉兵，並很快攻陷鎌倉，史稱“中先代之亂”。8月初，足利尊氏未等天皇下詔，帶領500名馬隊，分開京都，與其弟足利直義彙合，大破北條時行，奪回了鎌倉。占有鎌倉後，足利尊氏並冇有返回京都，而是自稱征夷大將軍，向後醍醐天皇豎起了反旗，這讓後醍醐天皇非常惱火。11月19日，天皇任命尊良親王、新田義貞為正副征討將軍，討伐足利尊氏。足利尊氏與其弟率軍大敗天皇的軍隊，其間，天皇方麵也曾多次擊敗足利尊氏。1336年5月，足利尊氏進入京都，擁立光嚴天皇的同母胞弟豐仁親王即位，是為光亮天皇。“建武複興”由此宣佈結束。

後醍醐天皇實施的新政，最首要的部分就是撤消威脅天皇權力的關白、攝政等職務，統統大權由天皇本人統轄，對皇室和大貴族的好正法力庇護，卻對在顛覆鎌倉幕府中立下軍功的軍人的好處不聞不問，這類做法引發了各地軍人的極度不滿。而與此同時，規複天皇之位冇多久的後醍醐天皇為了滿足一己私慾，疏忽長年戰亂給百姓帶來的磨難，肆意增加稅收，征發勞役，在京都大興土木，呈現了“兵革以後，世局未穩，國費民苦”的亂象。後醍醐天皇的倒行逆施激起了農夫的不滿，由此，後醍醐天皇逐步落空了軍人和農夫對他的支撐。

此時的足利尊氏固然獲得了天皇的賜名，但是並冇有獲得他夢寐以求的“征夷大將軍”的名號，反倒遭到後醍醐天皇的各種限定，這讓足利尊氏非常絕望。

北朝的實際節製者足利尊氏在被光亮天皇正式任命為“征夷大將軍”後重啟武家政治，在京都建立了足利幕府。幕府建立不久，為了清算武家軌製，鼎新朝政，足利尊氏公佈了武家法典《建武式目》。《建武式目》提出“居安思危”的觀點，以為首要之責是“早休萬人愁”，“政在安民”。在這一思惟的指導下，《建武式目》提出要製止豪侈，力行儉仆，不得納賄賄賂；選用賢達之人擔負處所官，並要求豪強不得兼併私宅，以減少停業流浪者；委任儘忠足利氏的有功、有才調的將領為各地保護。

1358年4月30日，足利尊氏病故，時年54歲，埋在京都的衣笠山下的等侍寺內。足利尊氏身後，其子足利義詮繼任將軍，在執事斯波義將的幫部下，足利義詮安定了幕府統治，並慢慢壓抑住了南朝權勢。