1339年8月16日，53歲的後醍醐天皇因病歸天。相傳他臨死前，一手握著《法華經》，一手撫劍，還立下遺詔：“縱領玉骨已埋南山，靈魂亦當常望北闕。”是以，後醍醐天皇的陵墓也與普通的朝南座北的傳統葬式不一樣，而是朝北坐南安葬。後醍醐天皇身後冇多久，跟隨他的幾個南朝聞名武將也接踵戰死，南朝彷彿“氣數已儘”，但是因為足利尊氏與其弟足利直義的內杠，南朝又殘喘了50多年。

1349年，足利直義與高師直的鬥爭生長到了白熱化階段，高師直要求足利尊氏肅除足利直義的統統職務。足利尊氏承諾了高師直的要求，撤掉了其弟全數職務。而後，高師直更加嬌縱，而足利尊氏與足利直義之間的乾係也是以日趨嚴峻。

1358年4月30日，足利尊氏病故，時年54歲，埋在京都的衣笠山下的等侍寺內。足利尊氏身後，其子足利義詮繼任將軍，在執事斯波義將的幫部下，足利義詮安定了幕府統治，並慢慢壓抑住了南朝權勢。

1331年6月，在足利尊氏與處所豪族顛覆鎌倉幕府的統治後，因多次運營倒幕行動而被北條氏放逐到隱歧島的後醍醐天皇返回京都，拔除了由鎌倉幕府攙扶的光嚴天皇，再次即位，重新掌控了朝政。1334年，後醍醐天皇改年號為“建武”，並實施了一係列的新政，史稱“建武複興”。

足利尊氏在起兵討伐鎌倉幕府之初，足利直義就一向幫手足利尊氏，足利尊氏也視足利直義為左膀右臂，對他極其正視。足利幕府建立後，足利尊氏的家臣高師直擔負首要職位，深得尊氏信賴，備受恩寵，然後權柄越高，驕奢越重，部下部將非常不滿，足利直義對此也深為仇恨，決計撤除高師直。

1335年7月，即建武二年，北條氏旁支北條時行在信濃舉兵，並很快攻陷鎌倉，史稱“中先代之亂”。8月初，足利尊氏未等天皇下詔，帶領500名馬隊，分開京都，與其弟足利直義彙合，大破北條時行，奪回了鎌倉。占有鎌倉後，足利尊氏並冇有返回京都，而是自稱征夷大將軍，向後醍醐天皇豎起了反旗，這讓後醍醐天皇非常惱火。11月19日，天皇任命尊良親王、新田義貞為正副征討將軍，討伐足利尊氏。足利尊氏與其弟率軍大敗天皇的軍隊，其間，天皇方麵也曾多次擊敗足利尊氏。1336年5月，足利尊氏進入京都，擁立光嚴天皇的同母胞弟豐仁親王即位，是為光亮天皇。“建武複興”由此宣佈結束。