南明時，宋應星被薦授滁和兵巡道和南湍兵巡道，但宋應星均辭而不就，他在暮年決計做一個隱士。明亡前，宋應升已升任廣州知府，明亡後也偶然戀官，辭去官職，回到故鄉。宋應星弟兄寄但願於南明政權，但這個政權由馬士英、阮大铖擅權，內用寺人，外結諸將，政以賄成，官以錢得，有“中書隨地走，都督滿街走，監紀多如羊，職方賤如狗”之謠。這個政權從建立之日起，內部就陷於四分五裂的狀況。阮大铖勾搭馬士英，日以黨爭為事，羅織罪名，架空打擊東林黨人。

官高經略師徒喪，昂首求生貫索中。”

1642—1643年，宋應星在奉新家居住時，本地發作了由李肅十、肅七帶領的紅巾軍叛逆。宋應星曾經與兵備道陳起龍、司李胡時享等，用戰略和武力彈壓了此次叛逆。

宋應星還進一步會商土石五金的“生代之理”，從中引出了物質在竄改前後“何嘗增”與“何嘗減”的物質守恒思惟。宋應星還指出植物體內所含的物質成分和植物所含的是同類，而植物是攝取土中無生命養料和水而發展的，從而論證了有機界和無機界之間在物質構成上的同一性。

《乃服》：包含養蠶、繅絲、絲織、棉紡、麻紡和毛紡等出產技術，另有上述出產東西、設備、操縱要點，重點先容了浙江嘉興、湖州地區養蠶的先進技術和絲紡、棉紡，另有大提花機的佈局圖。

宋應星論述的江西水碓，以水力為能源，通過立式主軸動員各機件，同時具有灌田、脫粒和磨麵3種服從，是17世紀天下上先進的農用機器。

《燔石》：闡述燒製石灰、采煤，燒製礬石、硫黃和砒石的技術，還闡述了煤的分類，采掘和井下安然功課。宋應星詳細論述了砒石種類、製法、性狀和在工農業上的用處。書中還先容明朝湖南衡陽工廠中一處就年產砒石達萬斤的事。用砒石做為農藥，這是中國農業技術史中的一大發明，恰是《天工開物》把這項發明正式記錄下來。

《陶埏》：論述修建房屋用的磚瓦戰役常餬口用的陶器、瓷器（白瓷、青瓷）的製造技術和東西。重點是先容景德鎮出產民用白瓷的技術，從質料配製、造坯、過釉到入窯燒結，都有申明。