滿清看出了明朝的真假，曉得高經略無用，袁崇煥無人支撐，於天啟六年（一六二六）正月大肆渡遼河攻寧遠，兵十三萬（在這幾年中，清軍的氣力已擴大了一倍），號稱二十萬。二十三日攻抵寧遠。

他和大將滿桂，副將左輔、朱梅，參將祖大壽、何可綱等，集將士誓死守城。袁崇煥刺出本身鮮血，寫成文告，讓將士傳閱，更向士卒下拜，激以忠義。全軍高低在他的鼓勵下大家熱血沸騰，決計死戰。

這時城牆被撞垮了一丈多，袁崇煥不能再泰然自如了，親身搬石來堵塞缺口，連受了兩次傷。部將勸他保重。他厲聲道：“寧遠雖隻戔戔一城，但與中國的存亡有關。寧遠如果不守，數年以後，我們的父母兄弟都成為韃子的仆從了。我若怯懦怕死，就算幸運保得一命，又有甚麼興趣？”撕下戰袍來裹了左臂的傷口又戰。將士在他的表率之下，大家奮勇，終究堵上了缺口。[42]

朝廷群臣都曉得滿桂兵戈的本領，但將帥反麵老是不對，便依從了。但是經略王之臣死力以為滿桂決不成去。朝廷派遣滿桂的號令已頒下了，因而聽了王之臣的主張，再命滿桂鎮守山海關。袁崇煥果斷不接管。朝廷冇法，隻得將滿桂調回北京，儲存左都督原官，派在國防機構辦事。

他又命令前屯守將趙率教、山海關守將楊麒，凡是寧遠有兵將逃返來，一概抓住斬首。山海關有他的下屬遼東經略高第鎮守，袁崇煥的權柄本來隻能管到寧遠和前屯，山海關總兵楊麒他是管不著的。但這時還管他甚麼下屬不下屬，權柄不權柄，“×他媽，頂硬上，幾大就幾大！”（淞滬之戰時，十九路軍廣東兵守上海，抗禦日軍侵犯，當時“×他媽，頂硬上”的廣東三字經，在江南一帶博得了群眾的熱烈崇拜。因為大師都說：廣東兵一罵“×他媽！”就挺槍衝鋒，向日軍殺去了。）

高第，字登之，萬曆十七年進士。他測驗公然“高第登之”，但做雄師統帥，倒是“要地棄之”。

廿四日，清兵殺到城下。袁崇煥初度見到“辮子兵”的威猛。

他是“X他媽，頂硬上”的豪傑。

牴觸轉移到了袁、滿二人之間，或許滿桂對下屬不敷尊敬，因而袁崇煥要求將滿桂調走。[46]

三月，複設遼東巡撫，由袁崇煥升任。魏忠賢見他職位首要了起來，開端對他防備，派了兩名親信寺人劉應坤與紀用去寧遠監軍。天子派間諜監督軍隊長官，是曆代政治敗北經常常呈現的景象。間諜乾預軍事，結果必然極差，以是袁崇煥上疏反對，但抗議無效，間諜寺人非來不成。朝廷為了安撫他，加他一個兵部右侍郎（正三品，相稱於國防部第二副部長）的頭銜，並賞銀幣，子孫世襲錦衣千戶。