同年蒲月，袁崇煥以閱兵為由去見毛文龍，毛文龍設席與袁崇煥喝酒，倆人常常喝到半夜，毛文龍冇有發覺到袁崇煥的來意。袁崇煥發起變動虎帳軌製，設置監察官員，毛文龍對此建議感到不歡暢，袁崇煥用回籍來打動他，毛文龍說：“我向來有這個意義，但隻要我曉得遼東的事件，遼東的事情處理後，朝鮮衰弱，能夠攻擊占有。”袁崇煥對毛文龍的答覆感到不歡暢。[30]

袁崇煥接著說幾件毛文龍違法做的事，毛文龍與其辯論，袁崇煥厲聲斥責毛文龍，命令將毛文龍的冠服去除並捆綁起來，毛文龍表示不平，袁崇煥因而列數毛文龍的十二條罪行，拿出尚方寶劍，將毛文龍斬殺。[32]

天啟七年（1627年），明熹宗駕崩，明思宗朱由檢即位，設想將魏忠賢撤除，並把之前冒領軍功的人削職。在朝中大臣的建議下，袁崇煥得以重新被啟用，被任命為兵部尚書兼任右副都禦史，督師薊遼、兼督登萊、天津軍務。同年七月，袁崇煥返回都城，上疏陳述兵事，朱由檢於平台召見袁崇煥，袁崇煥宣稱本身能夠五年複遼，朱由檢對此大加讚美。給事中許譽卿問袁崇煥複遼的戰略，袁崇煥卻說是用這類話安撫皇上。許譽卿說：“皇上賢明，怎麽能夠隨便應對。他日遵循刻日尋求效果，你該怎麽辦？”袁崇煥也感覺本身講錯了，因而上奏說：“五年複遼的打算不輕易完成，陛下既然拜托給臣，臣怎麽敢推讓這艱钜的任務。但是五年內，戶部轉運軍餉，工部供應東西，吏部用人，兵部調兵選將，必須朝廷表裡事事共同，才氣有所勝利。”朱由檢因而讓四部的臣遵循袁崇煥的話辦。[26]

崇禎二年（1629年），駐守寧遠的來自於川、湖等地的兵士因為軍餉的事而叛變，袁崇煥用計將其安定。而後袁崇煥要求將寧遠、錦州合為一鎮，讓祖大壽鎮守錦州，何可剛替代朱梅駐寧遠，趙率教守關門，袁崇煥自駐寧遠，同時上書給朱由檢死力獎飾祖大壽等三人的才氣，並說本身五年複遼的打算端賴這三人來實現，如果五年後冇有實現，他將親手將這三人斬殺，本身到司法部分領罪服死。朱由檢加封袁崇煥為太子太保，並賜給蟒衣銀幣。[28]

被稱為明末清初五大學者之一的朱舜水插手過“反清複明”的活動，在他的著作《朱舜水集》裡，將袁崇煥稱為“賣民賊”，[62]明末將領徐石麒也以為，袁崇煥大要上主戰，而實際上是想主和，乃至以擒殺毛文龍的體例取信於清廷。[63]清朝學士張廷玉在撰寫《明史》時以為袁崇煥殺毛文龍是“妄殺”，計六奇在《明季北略》裡以為袁崇煥固然死的冤，但是他列十二條罪行殺毛文龍，如同秦檜以十二道金牌殺嶽飛一樣。[64]