右翼諸部公然不是林丹汗的敵手，林丹汗以秋風掃落葉之勢擊潰了駐牧於宣府外元上都故地的哈喇慎部和定居於歸化城的土默特部，很快在右翼安身。顛末數次戰役[20]，林丹汗在1628年底安定右翼地區，擯除了順義王卜失兔（土默特俺答汗之孫），並拔除了濟農額璘臣（濟農是達延汗所設置的代表大汗辦理右翼的世襲官職，駐鄂爾多斯，到林丹汗時已實際獨立），成果右翼諸部接踵歸附後金。另一方麵，留守於遼河套的察哈爾部也開端崩潰，不但奈曼、敖漢兩鄂托克投奔後金，阿喇克卓特也步厥後塵而降金，浩齊特、烏珠穆沁、蘇尼特三鄂托克則北上投奔漠北外喀爾喀碩壘台吉（厥後的車臣汗）處。1628年仲春，皇太極一征察哈爾，到玄月時兼併了察哈爾及哈喇慎之故地。林丹汗僅占有宣府邊外以西的河套和土默川一帶。

皇太極看準這個機遇，決定策動對林丹汗的決鬥，完整征服漠南蒙古。1631年四月，皇太極就已經籌辦討伐林丹汗，在科爾沁部的勸說下推遲。1632年三月，皇太極第二次遠征察哈爾林丹汗，傳令歸順後金的蒙古各部速率部來會。四月，科爾沁、紮魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的台吉會於西拉木倫河岸，總兵力約10萬。此時，鑲黃旗兩個蒙前人偷馬逃出，將雄師壓境的動靜陳述給林丹汗。當時林丹汗駐帳於宣府邊外，傳聞後非常震驚，因而率眾西奔。皇太極分兵三路窮追林丹汗41天，蒲月下旬進駐歸化城，得知林丹汗已渡黃河而去。遂停止追擊，經宣府、張家口返回。途中收攏了林丹汗所遺部眾數萬人。[26]

敗亡青海

除此以外，林丹汗還操縱“圖們*”束縛諸部（即《圖們汗法典》）。任命永謝布部的卻熱斯塔布囊為大汗的代表，辦理右翼三萬戶蒙古諸部，任命內喀爾喀炒花（烏濟葉特）部的錫爾呼納克洪台吉幫助大汗辦理右翼蒙古諸部，1617年在巴林境內的阿巴嘎哈喇山建察漢浩特（今內蒙古赤峰市阿魯科爾沁旗）作為政治中間，令諸部首級到此朝覲、進貢與議事。