厥後，清朝統治者將察哈爾部安設於義州，分設擺佈翼察哈爾八旗，封額哲為親王，並將皇女馬喀塔格格嫁給他。康熙年間，林丹汗的孫子布爾尼舉兵反清，旋即失利，後嗣斷絕。

文明

林丹汗堅信藏傳佛教，林丹汗平生熱中於佛教奇蹟，不但鞭策了藏傳佛教在右翼三萬戶地區的傳播，並且為蒙古文明作出了必然的進獻。1604年，剛即位的林丹汗就從四世□□派駐蒙古處所掌管束法的邁達理呼圖克圖和卓尼綽爾濟等黃教喇嘛接管了格魯派（黃教）的法戒。

近當代以來，林丹汗在蒙古的評價獲得極大竄改，以為他是一個誌在規覆成吉思汗霸業、將一盤散沙的蒙古複歸同一的豪傑之主，又果斷不向後金投降，顯現了蒙古民族的氣勢。如烏蘭夫稱他為“抵擋外族壓迫的豪傑”。[34]蒙前群眾共和國粹者則必定林丹汗“對滿洲的侵犯打算曾經表示果斷地反對”“詭計對於所屬各部實施強有力的集權，並且建立起一個在他節製下的同一獨立的蒙古”。[35]

敗亡青海

日本學者萩原淳平對林丹汗評價較高，以為他懷有富國強兵、答覆蒙古帝國的胡想。同時指出“蒙文質料，除有關喇嘛教的以外，就是曾受過林丹汗的壓迫、持有被害者態度的人們所寫的質料。清朝的質料是出自這類態度的質料：即以其與明朝的戰役為主，使蒙古無毛病他們的行動，並儘量把蒙古拉入本身一方，以便更無益地貫徹對明朝的政策。而明朝的質料則是反應這類態度的質料，即：在對□□哈赤的戰役中將蒙古拉入本身一方，以利於戰役，如有能夠則挑起□□哈赤與林丹汗之間的戰役，使其兩敗俱傷。”總之，反應林丹汗一方態度的史料的缺失是形成林丹汗未能獲得精確評價的啟事。[36]

率部來會。四月，科爾沁、紮魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的台吉會於西拉木倫河岸，總兵力約10萬。此時，鑲黃旗兩個蒙前人偷馬逃出，將雄師壓境的動靜陳述給林丹汗。當時林丹汗駐帳於宣府邊外，傳聞後非常震驚，因而率眾西奔。皇太極分兵三路窮追林丹汗41天，蒲月下旬進駐歸化城，得知林丹汗已渡黃河而去。遂停止追擊，經宣府、張家口返回。途中收攏了林丹汗所遺部眾數萬人。[26]