木葉忍者村俄然遭到九尾妖狐的攻擊，第四代火影捐軀生命將妖狐封印到當時還是嬰兒的鳴人身上。村人將鳴人當作妖狐的化身，對他冷眼相待，鳴報酬了獲得大師的認同而不竭在村裡搞惡作劇，以引發人們的重視。鳴人的目標是成為村莊裡最巨大的忍者“火影”，讓統統人認同他的存在。

此時佐助以為本身已經獲得了超出大蛇丸的力量而俄然向大蛇丸發難，破解了他的轉生忍術，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸本來的部下水月、香磷和重吾，四人構成名為“蛇”的小隊，為了尋覓鼬而展開行動。在此期間，佐助與“曉”的迪達拉遭受並交兵，迪達拉敗於佐助部下，為了證明本身的藝術而自爆，佐助卻躲在了萬蛇的體內而躲過一劫。迪達拉

鳴人他們完成任務回到村莊，卡卡西保舉他們插手即將停止的中忍測驗。測驗會場中強手雲集，而在測驗過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。

鳴人在正式測驗的第一場擊敗了人稱天賦的日向寧次，向大師證瞭然本身的氣力。但在測驗半途，音忍和砂忍們開端向木葉忍者村策動進犯，測驗也被迫中斷。大蛇丸向第三代火影建議應戰，在一場苦戰過後，第三代火影戰死，而大蛇丸也支出了落空兩隻手臂的代價，被迫撤退。鳴人則與砂忍者村派來的“兵器”我愛羅比武，並打敗了我愛羅。

大蛇丸找到綱手，但願她能醫治本身的雙手，並提出能夠讓她再次見到她最正視的兩人的前提。綱手為此躊躇不決，這時鳴人和自來也找到了她。綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴報酬了成為火影的胡想而刻苦修行的模樣，也逐步竄改了設法。以後綱手回絕了大蛇丸的要求，昔日的三忍展開狠惡的戰役，鳴人也終究練成了自來也所傳授的螺旋丸，打敗了大蛇丸的侍從兜。最後大蛇丸被逼退，綱手跟從自來也和鳴人回到木葉，成為第五代火影。