大蛇丸找到綱手，但願她能醫治本身的雙手，並提出能夠讓她再次見到她最正視的兩人的前提。綱手為此躊躇不決，這時鳴人和自來也找到了她。綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴報酬了成為火影的胡想而刻苦修行的模樣，也逐步竄改了設法。以後綱手回絕了大蛇丸的要求，昔日的三忍展開狠惡的戰役，鳴人也終究練成了自來也所傳授的螺旋丸，打敗了大蛇丸的侍從兜。最後大蛇丸被逼退，綱手跟從自來也和鳴人回到木葉，成為第五代火影。

鳴人他們完成任務回到村莊，卡卡西保舉他們插手即將停止的中忍測驗。測驗會場中強手雲集，而在測驗過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。

在忍者黌舍是萬年吊車尾的鳴人，終究獲得伊魯卡教員的認同而順利畢業，並和同期畢業的佐助、小櫻分派到同一小組。指導上忍卡卡西為了培養鳴人他們的團隊合作精力而在儲存練習中設下各種磨練，終究鑒定他們合格，也使得鳴人他們學習到了團隊合作的首要性。

在外修行了兩年半的鳴人返來了。但此時的“曉”也開端蠢蠢欲動，已經成為砂忍者村風影的我愛羅被“曉”成員迪達拉和蠍擄走。鳴人和卡卡西小組為了救出我愛羅而前去砂忍者村，並找出了“曉”的按照地，但我愛羅已經被抽離尾獸而滅亡。氣憤的鳴人不顧統統地追逐迪達拉，而小櫻和砂忍者村的千代婆婆聯手與蠍交兵，終究將蠍打倒。千代婆婆捐軀本身的生命，利用轉生忍術將我愛羅重生，鳴人他們回到木葉忍者村。

卡卡西因為勞累過分而住院，暗部的大和代替卡卡西帶領卡卡西小組，新的成員佐井也插手了步隊。他們操縱從蠍那邊獲得的諜報，前去六合橋探聽有關佐助的動靜。但佐井實際上倒是奉下屬團藏的號令履行暗害佐助的極秘任務，本籌算履行任務的他在看到鳴人與佐助的拘束以後竄改了設法。鳴人等人終究在大蛇丸的按照地與佐助相逢，但佐助仍然不籌算轉意轉意，還是挑選和大蛇丸一起分開。而佐井則因為這一任務的契機成為了鳴人他們的火伴。