此時佐助以為本身已經獲得了超出大蛇丸的力量而俄然向大蛇丸發難，破解了他的轉生忍術，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸本來的部下水月、香磷和重吾，四人構成名為“蛇”的小隊，為了尋覓鼬而展開行動。在此期間，佐助與“曉”的迪達拉遭受並交兵，迪達拉敗於佐助部下，為了證明本身的藝術而自爆，佐助卻躲在了萬蛇的體內而躲過一劫。迪達拉

木葉忍者村因為大蛇丸的詭計而遭到極大的毀傷，就在此時，已經叛離木葉的宇智波鼬俄然現身。鼬是佐助的哥哥，曾經將一族的人們全數殺光而分開村莊，此次他與霧忍者村的乾柿鬼鮫一同來到木葉，彷彿是以鳴人體內的九尾作為目標，並且是遭到名為“曉”的構造的號令。佐助得知鼬回到村莊，向鼬建議應戰，但卻遭到慘敗。而後，自來也為了尋覓新任火影的候補人選綱手，同時也為了幫忙鳴人修行，而和鳴人一起外出尋覓綱手的下落。

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鳴人他們完成任務回到村莊，卡卡西保舉他們插手即將停止的中忍測驗。測驗會場中強手雲集，而在測驗過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。

在外修行了兩年半的鳴人返來了。但此時的“曉”也開端蠢蠢欲動，已經成為砂忍者村風影的我愛羅被“曉”成員迪達拉和蠍擄走。鳴人和卡卡西小組為了救出我愛羅而前去砂忍者村，並找出了“曉”的按照地，但我愛羅已經被抽離尾獸而滅亡。氣憤的鳴人不顧統統地追逐迪達拉，而小櫻和砂忍者村的千代婆婆聯手與蠍交兵，終究將蠍打倒。千代婆婆捐軀本身的生命，利用轉生忍術將我愛羅重生，鳴人他們回到木葉忍者村。

在忍者黌舍是萬年吊車尾的鳴人，終究獲得伊魯卡教員的認同而順利畢業，並和同期畢業的佐助、小櫻分派到同一小組。指導上忍卡卡西為了培養鳴人他們的團隊合作精力而在儲存練習中設下各種磨練，終究鑒定他們合格，也使得鳴人他們學習到了團隊合作的首要性。

鳴人在正式測驗的第一場擊敗了人稱天賦的日向寧次，向大師證瞭然本身的氣力。但在測驗半途，音忍和砂忍們開端向木葉忍者村策動進犯，測驗也被迫中斷。大蛇丸向第三代火影建議應戰，在一場苦戰過後，第三代火影戰死，而大蛇丸也支出了落空兩隻手臂的代價，被迫撤退。鳴人則與砂忍者村派來的“兵器”我愛羅比武，並打敗了我愛羅。