鳴人在正式測驗的第一場擊敗了人稱天賦的日向寧次，向大師證瞭然本身的氣力。但在測驗半途，音忍和砂忍們開端向木葉忍者村策動進犯，測驗也被迫中斷。大蛇丸向第三代火影建議應戰，在一場苦戰過後，第三代火影戰死，而大蛇丸也支出了落空兩隻手臂的代價，被迫撤退。鳴人則與砂忍者村派來的“兵器”我愛羅比武，並打敗了我愛羅。

木葉忍者村俄然遭到九尾妖狐的攻擊，第四代火影捐軀生命將妖狐封印到當時還是嬰兒的鳴人身上。村人將鳴人當作妖狐的化身，對他冷眼相待，鳴報酬了獲得大師的認同而不竭在村裡搞惡作劇，以引發人們的重視。鳴人的目標是成為村莊裡最巨大的忍者“火影”，讓統統人認同他的存在。

鳴報酬了學得比螺旋丸更強的術而展開修行，此時“曉”的成員飛段和角都為了捕獲九尾而入侵木葉，與第十班的成員交兵，阿斯瑪在這一戰中中了飛段的咒術而捐軀。為了替阿斯瑪報仇，鹿丸等人結成新的小隊，與卡卡西一道向飛段和角都應戰。鹿丸應用過人的聰明打敗了勁敵飛段，而鳴人也終究學成了新術“風遁・螺旋手裡劍”，來到疆場援助，一擊打倒了角都，贏得勝利。

鳴人他們完成任務回到村莊，卡卡西保舉他們插手即將停止的中忍測驗。測驗會場中強手雲集，而在測驗過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。

卡卡西因為勞累過分而住院，暗部的大和代替卡卡西帶領卡卡西小組，新的成員佐井也插手了步隊。他們操縱從蠍那邊獲得的諜報，前去六合橋探聽有關佐助的動靜。但佐井實際上倒是奉下屬團藏的號令履行暗害佐助的極秘任務，本籌算履行任務的他在看到鳴人與佐助的拘束以後竄改了設法。鳴人等人終究在大蛇丸的按照地與佐助相逢，但佐助仍然不籌算轉意轉意，還是挑選和大蛇丸一起分開。而佐井則因為這一任務的契機成為了鳴人他們的火伴。

大蛇丸找到綱手，但願她能醫治本身的雙手，並提出能夠讓她再次見到她最正視的兩人的前提。綱手為此躊躇不決，這時鳴人和自來也找到了她。綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴報酬了成為火影的胡想而刻苦修行的模樣，也逐步竄改了設法。以後綱手回絕了大蛇丸的要求，昔日的三忍展開狠惡的戰役，鳴人也終究練成了自來也所傳授的螺旋丸，打敗了大蛇丸的侍從兜。最後大蛇丸被逼退，綱手跟從自來也和鳴人回到木葉，成為第五代火影。