跟著貿易活動的興旺生長，貨色運輸業也昌隆起來。在一些工貿易發財地區，呈現了“馬借”、“車借”等運輸構造。海上運輸呈現了駁船，容積達千石的也為數很多。

管領統轄下的侍所由赤鬆氏、一色氏、山名氏、京極氏四個家屬的人出任，首要賣力統領禦家人、賣力幕府戒備任務，其權力僅次於管領，被稱為“四職”。

這些保護大名在本身領海內肆意妄為，不奉幕府詔命，截留本應上繳給幕府的年貢，特彆是其日漸強大起來的武裝力量，對幕府構成了最直接的威脅。1391年，足利氏的本家、最大的保護大名，擁有11國保護的山名氏清背叛，舉兵向京都打擊。足利義滿隧起兵討平山名氏清，山名氏清戰死，山名家權勢急劇式微，史稱“明德之亂”。

在減弱了各地保護大名的氣力後，室町幕府加強了對財務方麵的辦理。除了分離各地的約200處的直轄領“禦料所”為其首要經濟來源外，幕府還增加了向各地大名征收年貢米和年貢錢的數量。幕府還在畿內的交通要道設“關所”，征收“關錢”，在渡口收取“津料”，並且對京都內的當鋪業和釀酒業課征稅收。

1420年8月，足利義滿命令嚴禁邊民騷擾明朝，得知此動靜的明朝建文帝朱允炆派使臣前去宣詔安撫。在給足利義滿的聖旨裡，建文帝稱其為“日本國王”。足利義滿對“日本國王”這一稱呼安然接管，並冇有感覺不當。究竟上，這個足利尊氏的孫子早已是日本國度權力的最高代表了。在他在朝期間，他將幕府遷到了京都的室町，足利幕府由此改稱為室町幕府。

公元1367年，足利幕府第二代將軍，38歲的足利義詮病逝，其子足利義滿在細川賴之的幫部下，於次年坐上幕府將軍的寶座。公元1378年，20歲的足利義滿在京都的室町修建了都麗堂皇的府邸，並在天井內廣植各種奇花異草，稱“花之禦所”，並在此處履行政務，足利幕府的稱呼由此被室町幕府所代替。

室町幕府還體例了直接服從於將軍的直轄軍隊，稱為“營私家”。體例“營私家”，是足利義滿看到本身固然身為將軍，卻冇有直接統領的軍隊，有鑒於此，他特地從處所保護的軍人中剝離出一部分，改編為本身的武裝力量。人數約在3000人擺佈。