關於宋應星之前各派對萬物本原及其竄改的分歧哲學論點及宋應星如何取諸家之長自成一說的詳細顛末，擬在本書第十一章會商其汗青職位時詳加申明，此處不再贅述。本章重點在批評他本人的天然哲學思惟。

此處的火指火質或可燃性成分，現在可瞭解為碳及碳的化合物。《形氣五》還重視到木燃燒後有灰燼返還於土，因此木中亦含有土質，現在可瞭解為礦物質成分。

宋應星關於水火土金木相互乾係及分彆層次的觀點，與明朝哲學家王廷相（1474—1544）及科學家李時珍的觀點是分歧的。王廷相也以為五行應分為水火、土、金木三個層次（《五行辯》）。而李時珍則指出：“首以水火，次之以土。水火為萬物之先，土為萬物之母也。次之以金石，從土也。”（《本草綱目.幾例》）時珍還指出：“水火以是養民，而民賴以生者也。本草醫方皆知辨水，而不知辨火，誠缺文哉，其氣行於天、藏於地，而用於人。”（《本草綱目.火部》）可見宋應星的思惟直接管李時珍的影響，但他又比其前輩對萬物的構成切磋得更加綿密。他像李時珍一樣，也特彆誇大水火的感化，這反應了在他阿誰期間工農業出產技術和科學比前代更加發財。宋應星也指出：“水火二氣均平布空，宜以均平附物也。太清之上，二氣均而後萬物生；重泉之下，二氣均而後百彙出。”（《水火三》）“灰塵空曠之間，二氣（水火）之所充也。”（《水火二》）這就是說，除構成萬物本原的元氣而外，其生長情勢水火二氣也均勻地充塞於六合之間、附載於萬物以內。因此“盈六合皆氣也”，還應瞭解為元氣及水火二氣，二氣再與土金木等形感化後，便化生萬物。這是對元氣論的詳細化。宋應星將他的這一新說稱之為“形氣水火之道”（《形氣二》）。

宋應星接著轉向闡述生命天然界萬物的天生機製。他將生物分為植物與植物兩大類，而在生物由初級到初級的生長序列中，植物即草木之屬較為根基。他將植物按生長序列再分為蟲魚、飛禽、走獸，最後是“萬物之靈”的人。他以為植物是從植物演變並天生的，而植物又是從無機物演變與天生的，歸根到底是通過水火與土木互動感化而產生。他寫道：“氣從地下催騰一粒，種性小者為蓬，大者為蔽牛乾霄之木，此一粒本來多少？其他皆氣所化也。”（《形氣一》）就是說，氣在土中促使一粒種子發展。種性小的成為蓬草，種性大的成為參天大樹。這一粒種子本來有多少呢？其他都是由氣轉化而成。這裡的“氣”應瞭解為水火二氣及土氣或泥土。因為如前所述，他在《水火三》中指出：“至於木，生於地下（土）。善於空中，二氣（水火）附麗此中。”故木中含水火。也就是說，一粒植物種子很小，入土後之以是能生長為參天大樹，因為從土中不竭攝取水及礦物質、有機質養料。是以草木借水、土及火質（可燃的有機肥料）而生長。宋應星在《天工開物》中所述各種植物如稻、麥、麻、豆、桑、棉、葛、草本染料、油料植物、甘蔗、竹、構樹及各種樹木的蒔植，都是按照這一事理而停止的。他更詳細論述了將這些植物借水火及金木石的互動感化而製成植物油、糖、衣料、