宋應星關於水火土金木相互乾係及分彆層次的觀點，與明朝哲學家王廷相（1474—1544）及科學家李時珍的觀點是分歧的。王廷相也以為五行應分為水火、土、金木三個層次（《五行辯》）。而李時珍則指出：“首以水火，次之以土。水火為萬物之先，土為萬物之母也。次之以金石，從土也。”（《本草綱目.幾例》）時珍還指出：“水火以是養民，而民賴以生者也。本草醫方皆知辨水，而不知辨火，誠缺文哉，其氣行於天、藏於地，而用於人。”（《本草綱目.火部》）可見宋應星的思惟直接管李時珍的影響，但他又比其前輩對萬物的構成切磋得更加綿密。他像李時珍一樣，也特彆誇大水火的感化，這反應了在他阿誰期間工農業出產技術和科學比前代更加發財。宋應星也指出：“水火二氣均平布空，宜以均平附物也。太清之上，二氣均而後萬物生；重泉之下，二氣均而後百彙出。”（《水火三》）“灰塵空曠之間，二氣（水火）之所充也。”（《水火二》）這就是說，除構成萬物本原的元氣而外，其生長情勢水火二氣也均勻地充塞於六合之間、附載於萬物以內。因此“盈六合皆氣也”，還應瞭解為元氣及水火二氣，二氣再與土金木等形感化後，便化生萬物。這是對元氣論的詳細化。宋應星將他的這一新說稱之為“形氣水火之道”（《形氣二》）。