中心釋迦牟尼佛，主管中心娑婆天下，他有兩位脅侍，“大智”文殊菩薩和“大行”普賢菩薩，號稱華嚴三聖；他是這個天下的教養者，是佛教教主。他的法身是藏傳佛教崇拜的大日如來。

縱三世佛：指疇昔佛燃燈佛，現在佛釋迦牟尼佛，將來佛彌勒佛。

佛殿中三身佛的配置環境以下：中尊是法身佛毗盧遮那佛，左尊為報身佛盧舍那佛，右尊為應身佛釋迦牟尼佛。

橫三世佛：指中心釋迦牟尼佛，東方藥師佛（另一說是東方阿閦佛，又稱“不動佛”），西方阿彌陀佛。

應身佛（又稱化身佛，即釋迦牟尼佛）指佛為超度眾生、隨緣應機而閃現的各種化身。

小說《封神演義》中，把三清說成是鴻鈞道祖的門徒，以太上老君（品德天尊）為長，元始天尊次之，通天教主（靈寶天尊）最小。乃是小說家言。

燃燈佛（彆名“定光佛”、“錠光佛”等）在已疇昔的寂靜劫為佛，是釋迦牟尼佛之前的佛，曾在疇昔世預言釋迦牟尼將來將成佛，是授記釋迦牟尼佛之師。很多佛、菩薩都曾是燃燈佛弟子。

2、佛有三身

因而便上演了西遊中如來所說的吞佛事件。如來從孔雀腹中出後，本欲殺之，眾佛討情，又考慮到他是準提前輩的人，打雀也要看仆人，因而將計就計給個麵子，封了孔雀大明王菩薩，因而皆大歡樂。且安寧了民氣，賺足了民望。所今厥後再無人反對了。

這三位天尊，在玄門的較大宮殿中都有神像，叫“三清神像”。元始天尊居中，靈寶天尊居左，品德天尊居右。元始天尊左手虛拈，右手虛捧，意味六合未形，萬物未生渾沌狀況時的“無極”；靈寶天尊雙手捧一半黑半白的圓形“陰陽鏡”，意味從“無極”狀況衍生出來的“太極”；品德天尊手拿一把畫有陰陽鏡的扇子，意味由“太極”分化出的六合“兩儀”（或陰陽“兩儀”）。合起來，恰是一幅玄門的宇宙圖式，反應了玄門的宇宙觀。