袁崇煥厲聲道：“你道本部院是個墨客，瞧我不起。本部院倒是能管將官之人。你說冇有罪麼？你犯了十二大罪，我數給你聽：‘1、明朝的軌製，大將在外，必由文臣監督，你獨裁一方，軍馬賦稅不肯受核。2、殛斃降人災黎，謊報冒功，說殺的是清兵。3、宣稱如果南下，取登州和南京如同反掌。公開說要造反。4、每歲餉銀數十萬，但發給兵士的糧餉每月隻要三鬥半，侵盜軍糧。5、在皮島開馬市，私行與本國貿易。6、部將數千名都冒稱姓毛，私行封官。7、敗退時剽掠商船。8、你本身強搶良家婦女，部下效尤。9、差遣災黎到遼東去偷挖人蔘，不肯去的就不發糧食，讓他們多量在島上餓死。十、將大量金銀送去京師賄賂，拜魏忠賢為寄父，在島上替魏忠賢泥像。十1、鐵山一仗，大敗喪師，卻報稱有功。十2、設立軍區已達八年，不能規複寸土，張望養敵。’這十二條罪行數了出來，毛文龍魂不附體，隻要叩首告饒。”

袁崇煥決計要處理這件事。崇禎二年蒲月廿二日，袁崇煥離寧遠，去和毛文龍閒談，商定了在旅順四周的一個小島上相會，這小島叫做島山。[90]從寧遠經渤海到旅順，和從皮島經黃海到旅順，海程大抵相稱，以是旅順是一其中間地點，也可說是中登時帶。當時毛文龍對袁崇煥已心存疑忌，如邀他到寧遠相會，他是不肯來的。袁崇煥如去皮島，卻又是身入險地。

天啟年間，毛文龍不竭以大量賄賂送給魏忠賢和其他寺人、大臣。對朝中當權派的大眾乾係做得極好。天啟五年，禦史麥之令彈劾毛文龍，以為他無用，遼東軍務不能依托他。魏忠賢死力袒毛，說麥之令是熊廷弼的翅膀，將他殺了。如許一來，統統反對魏忠賢的東林黨清流派都恨上了毛文龍。

袁崇煥隨即提出幾件事來責問毛文龍，毛文龍抗辯。袁崇煥不客氣了，斥責道：“本部院披肝瀝膽，與你說了三日，隻道你轉頭是岸，也還不遲。那曉得你狼子野心，老是一片欺誑到底。你目中冇有本部院，那也罷了。方今聖天子威武天縱，國法豈容得你？”命人除下他衣冠，綁了起來。毛文龍的態度仍非常倔強，自稱無罪有功。

崇禎對袁崇煥的猜忌，從“請發內帑事件”開端。帶兵的統帥催討欠餉，本是理所當然的事情，但債主對於借主催討欠款，非論借主的來由如何充沛，債主自但是然的會對他非常憤恨，如果借主威名震於天下而又握有武力，十幾歲的少年債主除了悔恨以外還會驚駭。崇禎又不敢獎懲袁崇煥與皇太極談和。這“不敢”兩字當中，天然隱伏了“將來和你計帳”的心機身分。