袁崇煥又到錦州去安撫兵變，連疏請餉。十月初二，崇禎在文華殿集群臣商討，說道：“崇煥先前說道‘安撫錦州，兵變可彌’，現在卻說‘軍欲鼓譟，求發內帑’，為甚麼與前疏如許衝突？卿等奏來。”

這根基計謀耐久的推行下去，便可慢慢竄改情勢，轉守為攻。但他擔心兩件事。一是天子和朝中大臣對他不信賴，二是仇敵教唆誹謗，漫衍謊言。是以在上任之初，對此特彆誇大。他聲明在先，軍隊中希罕古怪之事多得很，不成能事事都查辦明白。他又自知有一股蠻勁，做事不依通例，要他統統都做得四平八穩，麵麵俱圓，那做不到。總而言之：“我不顧本身性命，給皇上辦成大事就是了，小事情請皇上不必理睬罷。”

但京裡的餉銀仍然不發來，錦州與薊鎮的兵士又叛變。如果這時清軍來攻，寧遠與錦州如何守得住？局勢實在傷害之至。袁崇煥有甚麼體例？隻要不竭的上奏章，向北京請餉。

兵變是因欠餉四個月而起，起事的是四川兵與湖南、湖北的湖廣兵。兵卒把巡撫畢自肅、總兵官朱梅等縛在角樓上。兵備副使把官衙庫房中統統的二萬兩銀子都拿出來發餉，相差還是很多，又向寧遠商民借了五萬兩，兵士纔不吵了。畢自肅自發治軍不嚴有罪，吊頸他殺。兵士的糧餉本就很少，拖欠四個月，叫他們如何過日子？這本來是中心當局財務部的事。連寧遠如許的國防第一要地，欠餉都達四個月之久，可見當時政治與財務的敗北。畢自肅在二次寧弘遠戰時是兵備副使，守城有功，因兵變而他殺，實在是死得很冤枉的。朱梅是軍中勇將，幾大戰役中血戰馳名。

但是崇禎的傲慢高傲比他哥哥天啟更短長很多，對滿清始終對峙“不承認政策”，不承認它有獨立自主的資格，決不與它打任何交道。[84]天啟是昏庸胡塗，崇禎倒是昏庸傲狠。

禮部右侍郎周延儒奏道：“軍士威脅，不但單是為了少餉，必然另有隱情。前人雖羅雀掘鼠，而軍心穩定。現在各處兵卒為甚麼動輒鼓譟，此中必有原故。”崇禎道：“正如此說。前人另有羅雀掘鼠的。今雖缺餉，那邊又會到這境地呢？”

當袁崇煥罷官家居之時，皇太極見勁敵既去，立即肆無顧忌，不再稱汗而改稱天子。

大學士劉鴻訓等都奏，請給袁崇煥大權，賜給他尚方寶劍，至於王之臣與滿桂的尚方劍則應撤回，以同一事權。崇禎以為對極。應予照辦。談完大過後，賜袁崇煥酒饌。