天正12年（1584年），織田信雄和德川家康結合對抗羽柴秀吉，小牧、悠長手之戰發作。家康取得勝利，但是秀吉通過一係列交際戰略，皋牢了家康。秀吉還在石山本願寺的舊址上修建居城——大阪城。天正13年（1585年）擔負關白一職，次年獲賜豐臣之姓，並就任太政大臣，奠定豐臣政權。通過紀州、四國和九州撻伐，長宗我部氏、島津氏歸降。天正18年（1590年）在小田原之戰中毀滅了後北條氏，並使東北大名降服，完成同一日本的豪舉。第二年，秀吉將關白一職讓與養子豐臣秀次，自稱太閣，以世襲的體例宣示豐臣政權的穩定。政治上通過太閣檢地、兵農分離、惣無事令等政策，為以後江戶幕府的生長做了必然的鋪墊。

開戰之初，以石田三成為本色帶領（名義上的統帥則為毛利輝元）的西軍守勢淩厲，打得以德川家康為帶領的東軍喘不過氣來。但是到了約莫中午時分，家康命令以火槍隊向其事前已拉攏、但是在疆場上按兵不動的的西軍大將小早川秀秋射擊，迫使他與吉川廣家等西軍大將陣前背叛，直逼西軍主陣。至此戰況急轉直下，西軍從稍占上風轉為完整潰敗。在日落之前，這場大戰便以東軍大勝告終。幾天後，石田三成被捕，他與小西行長以及安國寺惠瓊三人作為首要戰犯被處決，德川家康本色上代替了豐臣氏的政權。

豐臣家重臣、五推行之一的石田三成以為德川家康違背私戰禁令，調集各地大名於大阪城頒發《內府違背條則》，隨即起兵討伐德川氏。德川家康則將上杉戰事交給次子結城秀康，本身則帶領雄師與支撐他的豐臣武將回師應對石田三成。慶長5年（1600年），兩軍主力最後在近江一帶停止了決定今後天下情勢的關原之戰。

慶長3年（1598年），豐臣秀吉病逝，其季子豐臣秀賴繼任家督，整日本頓時墮入混亂。自朝鮮半島撤兵返國的豐臣氏諸將因為各自好處的題目，對以石田三成為首的五推行大表不滿，乃至試圖起兵暗害。另一方麵，五大老之首德川家康私結諸侯，肆意分封領地，激起其他四位大老的不滿。慶長4年（1599年），四位大老中最有影響力的前田利家病逝，豐臣家臣與德川家康乾係敏捷惡化。慶長4年（1600年），也就是秀吉身後兩年，德川家康因上杉景勝家老直江兼續的訴狀《直江狀》，起兵征討上杉景勝，是為會津撻伐。