他的要求直接遭到兩派的明白反對，重臣何和禮、扈爾漢、揚古利等搶先擁立莽古爾泰，支撐黃台吉的大臣一度打算策動政變，但被黃台吉製止，後者終究決定率部出走，建州內部一時候士氣降落、民氣惶惑。

不久後，舒爾哈齊再次建議打擊，扈爾漢戰死，莽古爾泰率殘部嚮明廷要求內附，但此時李成梁已被袁可立替代，後者出於進一步形成女真內鬨的目標，回絕采取。

得知努爾哈赤被捕，建州乃至遼東諸部皆大為震驚。建州中好戰派主張結合蒙古諸部攻打鐵嶺等明朝邊城，虜掠漢民，製造混亂，逼迫朝廷放人。但更多還是看得清情勢，以為當前群龍無首，冒然出兵無異於以卵擊石，當務之急是先選出新的首級，製止部眾分裂。

舒爾哈齊雖有幾次小勝，但因內鬨虎將喪失殆儘，終究寡不敵眾，先敗於薩爾滸，再敗於赫圖阿拉，流亡途中被聯軍追上並斬殺。聯軍將其麾下諸城付之一炬，其地劃歸撫順統領。

黃台吉因助剿有功，被封為建州左衛批示使、右都督，但被要求將部眾遷往鐵嶺邊牆北側一處平原居住並收繳兵器，便於明廷監控。很多重臣、部眾因不甘臣服而四散，其部下部眾僅剩千餘人，已冇法對明朝形成威脅。

事情並未就此結束。舒爾哈齊得次子阿敏策應，結合海西女真烏拉部、葉赫部（海西四部其他兩部被滅），野人女真虎爾哈部、瓦爾喀部、窩集部，對莽古爾泰建議打擊，何和禮等重臣戰死，莽古爾泰逃往舊都虎攔哈達。

對此，大部分重臣以為元妃兩子皆被扣押，當擁立繼妃之子莽古爾泰暫執國政，少部分大臣主張擁立六子黃台吉，兩派辯論不休，內部分裂之勢已見端倪。就在此時，努爾哈赤胞弟舒爾哈齊也來插上一腳，他以明朝客歲已封其為建州右衛批示使為由，要求領受建州女真。

明廷冊封其為歸義王，位居順義王之下，廢察罕浩特，令其搬家廣寧，部眾被編為二衛八所，歸入大寧都司（後改成大寧承宣佈政使司）統領，名義上仍屬歸義王麾下，實則由明廷任命親明部族首級擔負批示使。次年七月，為土默特部仇家刺殺於廣寧歸義王府外，年僅二十八歲，無嗣，順義王爵位拔除。

莽古爾泰走投無路，於萬曆三十七年（1609年）被舒爾哈齊俘獲後押送回赫圖阿拉斬首，揚古利等投奔黃台吉，後者倒也不計前嫌予以采取。