四月，明廷封黃台吉為建州衛都批示使，以舒爾哈齊擅殺褚英為由，號令黃台吉部，海西、野人女真，內喀爾喀五部，日本、朝鮮出兵圍殲，史稱“萬曆犁庭”。

十一月，褚英到達毛憐衛，彙集部眾萬餘，企圖結合黃台吉攻打舒爾哈赤，但揚古利等努爾哈赤舊臣本就與褚英有隙，調撥黃台吉回絕，並嘗試與明廷聯絡坐收漁利。

他的要求直接遭到兩派的明白反對，重臣何和禮、扈爾漢、揚古利等搶先擁立莽古爾泰，支撐黃台吉的大臣一度打算策動政變，但被黃台吉製止，後者終究決定率部出走，建州內部一時候士氣降落、民氣惶惑。

不久後，舒爾哈齊再次建議打擊，扈爾漢戰死，莽古爾泰率殘部嚮明廷要求內附，但此時李成梁已被袁可立替代，後者出於進一步形成女真內鬨的目標，回絕采取。

但萬曆天子卻對褚英法外開恩，不但赦免其罪，還封其為建州左衛批示使（努爾哈赤舊職）、都督僉事，令其回建州清算部眾為朝廷所用。如許做，一方麵是因為褚英非常虔誠，對努爾哈赤早前多有勸諫，父子也是以乾係不睦；另一方麵，當然是持續教唆建州內鬨。

當然，對於東北龐大的情勢，明廷並未強迫推動府縣製“一刀切”，而是對女真、蒙古中強勢諸部實施土官製代替衛所製，在滿足其獨立性的同時，逐步減少其軍事性和戰役力。

對於察哈爾、土默特、科爾沁等獨立性較強的權勢，明廷則先是殺雞儆猴，對起初與努爾哈赤締盟的科爾沁部策動進犯，其殘存親明朝權勢首級被授予崇義公、遼西宣慰使。對於土默特部，仍冊封其首級（即俺答汗後嗣）為順義王，準設馬市。

明廷冊封其為歸義王，位居順義王之下，廢察罕浩特，令其搬家廣寧，部眾被編為二衛八所，歸入大寧都司（後改成大寧承宣佈政使司）統領，名義上仍屬歸義王麾下，實則由明廷任命親明部族首級擔負批示使。次年七月，為土默特部仇家刺殺於廣寧歸義王府外，年僅二十八歲，無嗣，順義王爵位拔除。

如權勢較強的葉赫、窩集、烏濟葉特部首級，彆離被授予坊州、東寧、泰寧土知府，劃歸開元承宣佈政使司統領；黃台吉被授予建州宣慰使，歸遼寧承宣佈政使司統領（後因企圖謀反被殺，建州被併入撫順府）。

舒爾哈齊雖有幾次小勝，但因內鬨虎將喪失殆儘，終究寡不敵眾，先敗於薩爾滸，再敗於赫圖阿拉，流亡途中被聯軍追上並斬殺。聯軍將其麾下諸城付之一炬，其地劃歸撫順統領。