兵部職方司主管軍令、軍政，對軍務內幕曉得得最清楚。職方司郎中（司長）餘大成死力為袁崇煥分辯，與兵部尚書梁廷棟幾剋日日為此事爭論。當時朝廷加在袁崇煥頭上的罪名有兩條，一是“背叛”，二是“擅主和議”。所謂背叛，唯一的證據是擅殺毛文龍，去敵所忌。袁崇煥擅殺毛文龍，手續上一定完整精確，但是毛死以後，崇禎明令公佈毛文龍的罪行，又公開嘉獎袁崇煥殺得對，殺得好，就算當真殺錯，任務也是在天子了，已不能作為袁崇煥的罪名。[2]

這時關外的將吏士民不竭到總督孫承宗的衙門去號哭，為袁崇煥呼冤，願以身代。孫承宗堅信袁崇煥是無罪的，死力安撫祖大壽，勸他建功，同時上書崇禎，盼望以祖大壽之功來贖袁崇煥之“過”。崇禎不予理睬。

CPFitzgerald： China， A Short Cultural History（中國文明簡史）：“都城的職位，是明朝首要的缺點之一，是它覆亡的首要啟事。”該書對明朝定都北京的倒黴有詳細闡發，見pp463-464。

[10]《崇禎長編》二年十一月十七日，兵科給事中陶崇道疏言：“昨工部尚書張鳳翔親至城頭，與臣同閱火器，見城樓所積者，有其具而不知其名，有其名而不知其用，詢之將領，皆各茫然，問之士卒，百無一識。有其器而不能用，與無器同；無其器以乘城，與無城同。臣等能不為之心寒乎？”明軍守城，主如果靠火器，守城將士連火器都不會利用，由放大炮反而殺傷滿桂軍隊可知。如果冇有袁崇煥來援，北京非給清兵攻陷不成。

[12]崇禎二年十仲春甲戍，祖大壽疏言：“比因袁崇煥被拿，宣讀聖諭，全軍放聲大哭，臣用好言慰止，且令奮勇圖功以贖督師之罪，此捧旨內臣及城上人所共聞共見者，奈訛言日熾，兵心已傷。初三日，夜哨見海子外營火，出兵夜擊，本欲冒死一戰，期建奇功，以釋表裡之疑，不料兵忽東奔……”祖大壽此疏當然有卸免本身任務的企圖，但當時士卒氣憤萬分，主動東奔的景象也有極大能夠。

崇禎身邊掌權的寺人，多數在北都城郊有莊園店鋪私產，清兵攻到，燃燒劫奪，眾寺人喪失很大，大師都說袁崇煥引敵兵出去。毛文龍在皮島當東江鎮總兵之時，每年餉金數十萬，此中一大部分底子不運出北京，便在都城平分給了天子身邊的用事寺人和當朝有權官員。毛文龍一死，眾寺人與權臣這些大支出都斷絕了。