嘉祐八年（1063年）三月，宋仁宗病死。趙曙即帝位，是為宋英宗。英宗即位之初，因病由皇太後曹氏垂簾聽政。皇太後思惟保守，一些寺人不竭向太後說英宗好話，導致兩宮嫌隙萌發，乾係非常嚴峻。為了調劑兩宮衝突，韓琦和歐陽修費了很多精力。韓琦、歐陽修進見太後，太後哭泣墮淚，訴說本身的委曲，並說：“老身殆無所容，須相公作主！”韓琦說：“此病故耳，病已，必不然。子疾，母可不容之乎？”歐陽修也一道委宛勸說。見到英宗，英宗則又對韓琦說：“太後待我無恩。”韓琦安慰道：“自古聖帝明王，不為少矣。然獨稱舜為大孝，豈其他儘不孝耶？父母慈愛而子孝，此常事不敷道；惟父母不慈，而子不失孝，乃為可稱。但恐陛下事之未至爾，父母豈有不慈者哉。”今後今後，兩宮乾係垂垂和緩。治平元年（1064年）蒲月，英宗病癒，在韓琦的勸說催促下，皇太後撤簾，降手書還政。閏蒲月，韓琦進右仆射，封魏國公。韓琦身為宰相，卻始終以邊事為念，他曾多次就邊防題目向英宗陳述方略，建議在河北、河東、陝西等路“籍民為兵”，覺得“義勇”，三丁選一， 於手背刺字，農閒練兵，戰時防備，既可加強軍事力量，也能減少冗兵軍費。治平三年冬，英宗病重，再度建嗣題目大要化。韓琦進言說：“陛下久 不視朝，願早建儲，以安社稷。”英宗點頭同意，因而建立潁王趙頊為皇太子。四年正月，英宗病死，趙頊即位，是為宋神宗。韓琦拜司空兼侍中。神宗即位不久，禦史中丞王陶彈劾韓琦，說他自嘉祐以來，專執國柄，君弱臣強，且“不赴文德殿押班”，擅權放肆。神宗曉得王陶在誣告，罷了他的官職，但韓琦仍果斷辭職。神宗挽留不住，任命他為鎮安、武勝軍節度使、司徒兼侍中、判相州。韓琦辭退所授兩鎮，後改成淮南節度使。正在這 時，宋守邊大將種諤私行對西夏建議突襲，一舉攻占綏州（今陝西綏德），鴻溝氛圍突然嚴峻，朝廷憂愁。韓琦在尚未到差的環境下，又奉旨改判永興軍（今西安），經略陝西。朝中一些大臣以為綏州孤絕難守，主張放棄。韓琦果斷反對。一個月後，西夏國主諒詐歸天，戰事暫告停歇。

皇祐五年（1053年）正月，韓琦以武康軍節度使徙知幷州（今山西太原）。當時在河東路擔負走馬接受的寺人廖浩然，為人貪恣，仗勢犯警。韓琦上奏，請朝廷將其召回，如不調走，必依法嚴懲。仁宗隻好令廖回京，並行之以鞭刑。幷州所轄地區與契丹交界，鄰邊的天池廟（今山西寧武西南）、陽武寨（今山西原平西北陽武村）等地，被契丹冒占，韓琦派人與契丹頭領據理談判，收回了這些處所，並立石為界。宋初大將潘美鎮守河東時，為了製止契丹南下劫奪，號令沿邊百姓遷徙本地，導致邊塞大片耕地荒廢不耕。慶曆四年歐陽修奉使河東時，就曾建議消弭代州（今山西代縣）、寧化軍（今山西寧武西南寧化堡）、岢嵐軍（今山西岢嵐）、火山軍（今山西河曲南）沿邊之地禁耕令，以減產糧食，供應邊防軍需，卻為軍帥明鎬所阻。十餘年後，韓琦於至和二年（1055年）春再次建議，才得以實施，開墾地步9600頃。至和二年仲春，韓琦以疾自請改知相州。在故鄉，製作晝錦堂於州署後園。嘉祐元年（1056年）七月，韓琦被派遣為三司使。八月，拜樞密使。三年六月，韓琦拜同中書門下平章事、集賢殿大學士。六年閏八月，遷昭文館大學士、監修國史。