鳴人他們完成任務回到村莊，卡卡西保舉他們插手即將停止的中忍測驗。測驗會場中強手雲集，而在測驗過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村莊的大蛇丸的進犯，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。以後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併爲即將到來的正式測驗作籌辦。鳴人獲得木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是遭到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在公開裡醞釀著詭計，那就是結合砂忍者村一同攻擊木葉。

佐助因為鳴人氣力的飛速生長而感到焦炙，這時大蛇丸的使者音忍四人眾前來講服他分開木葉前去音忍者村。佐助為了獲得更強大的力量以向鼬複仇，而分開了村莊去找大蛇丸。鳴人、鹿丸等人結成五人小隊前去追逐佐助，途中彆離與音忍四人眾以及隨後趕到的君麻呂展開戰役，期間獲得了砂忍者村救兵的助力，好不輕易纔將仇敵一一擊敗。鳴人追上了佐助，但佐助不籌算回到村莊，兩人使出渾身解數展開苦戰，最後鳴人還是功虧一簣，敗在佐助部下而冇能挽留佐助。以後鳴人回到村莊，籌算和自來也一同外出修行，以使本身變得更強。

鳴報酬了學得比螺旋丸更強的術而展開修行，此時“曉”的成員飛段和角都為了捕獲九尾而入侵木葉，與第十班的成員交兵，阿斯瑪在這一戰中中了飛段的咒術而捐軀。為了替阿斯瑪報仇，鹿丸等人結成新的小隊，與卡卡西一道向飛段和角都應戰。鹿丸應用過人的聰明打敗了勁敵飛段，而鳴人也終究學成了新術“風遁・螺旋手裡劍”，來到疆場援助，一擊打倒了角都，贏得勝利。

此時佐助以為本身已經獲得了超出大蛇丸的力量而俄然向大蛇丸發難，破解了他的轉生忍術，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸本來的部下水月、香磷和重吾，四人構成名為“蛇”的小隊，為了尋覓鼬而展開行動。在此期間，佐助與“曉”的迪達拉遭受並交兵，迪達拉敗於佐助部下，為了證明本身的藝術而自爆，佐助卻躲在了萬蛇的體內而躲過一劫。迪達拉木葉忍者村俄然遭到九尾妖狐的攻擊，第四代火影捐軀生命將妖狐封印到當時還是嬰兒的鳴人身上。村人將鳴人當作妖狐的化身，對他冷眼相待，鳴報酬了獲得大師的認同而不竭在村裡搞惡作劇，以引發人們的重視。鳴人的目標是成為村莊裡最巨大的忍者“火影”，讓統統人認同他的存在。