終究美國作出了讓步，將國旗移到了中國國旗的前麵。審判前最首要的事情是撰寫告狀書，但是在告狀書裡該以何年為被告犯法日期的起點這個題目上，各國法官又產生了嚴峻分歧，有人以為，肇端點應當從1941年12月7日，日軍偷襲珍珠港算起，有人以為應當將1937年7月7日發作的“盧溝橋事件”算起，而梅汝璈提出，應以1928年1月1日日本製造“皇姑屯事件”為對日本戰犯告狀的肇端日。在一番會商後，遠東國際軍事法庭同意了梅汝璈的主張。

1946年5月3日，審判正式開端。遠東國際軍事法庭采取的是英美法係的對證製，共分為三個階段：查察官綜合陳述和提證；被告狀師綜合辯白和提證；被告小我辯白和提證。在這以後，就是法官的評斷和宣佈訊斷。

1948年3月2日，法庭結束了全數辯論，11月12日，法庭宣讀訊斷，判處東條英機、廣田弘毅、土肥原賢2、板垣征四郎、鬆井石根、武藤章、木村兵太郎絞刑，16人判處無期徒刑，東鄉茂德判處20年徒刑，重光葵判處7年徒刑。東條英機等7人的絞刑於1948年12月22日履行。

開庭當日，構成軍事法庭的11國的查察官向法庭提出告狀書，被告原有28人，實際受審者為25人。告狀書以粉碎戰役罪、戰役罪、違揹人類罪控告被告自1928年1月1日至1945年9月2日期間犯下的罪過。在審判過程中，最令人感到不測的是中國末代天子溥儀以證人身份呈現在法庭上，這不但引發了全部日本的存眷，也引發了全天下的諦視。溥儀出庭8天，使大量被日本決計坦白的罪過和戰役奧妙重見天日，而南京大搏鬥倖存者在法庭的呈現，也讓被告坦白究竟本相的詭計停業。

為了表達本身的態度，梅汝璈又憤然脫下了意味法官權力的玄色絲質法袍，回絕“彩排”，使得預演推遲了半個多小時。

1946年3月20日，在自家的客堂內，42歲的梅汝璈對前來采訪他赴東京擔負遠東國際軍事法庭法官一事的記者說道：“審判日本戰犯是人道公理的勝利，我有幸受國人之托，作為寂靜的國際法庭法官，決竭力依法行事，不負當局與國人囑望。”

看到這一環境後，梅汝璈曆數了日軍在中國大地犯下的累累罪過，比如日軍在各地展開的“三光”政策，肆意搏鬥手無寸鐵的布衣，用活人做細菌實驗等等。在梅汝璈的死力主張下，各國法官最後以投票的體例確認了極刑的合用。