在日本廣興漢學的同時，因為幕府實施鎖國政策，除了中國，唯有荷蘭才被答應停止兩國貿易。在接收中漢文明的同時，荷蘭的天然科學和文明藝術也順理成章地成了日本學習的工具。1720年，幕府第八代將軍德川吉宗放寬了對本國冊本的限定，答應引入非宗教類的本國冊本，特彆是荷蘭書，並命人將這些書翻譯成日文。在這些冊本當中，先容天然科學的冊本占了絕大部分。內裡記錄了歐洲的最新事物，如顯微鏡、熱氣球，及有關新近地理知識等等，日本人開端熱中於西方的科學文明知識，稱之為“蘭學”。

“蘭學”的翻譯和傳播促進了日本近代天然科學的生長，以西方實際知識為研討體例成為時髦。1750年，幕府醫官野呂元丈寫成了12卷本的《荷蘭本草和解》；1754年，被先人稱為“日本實驗醫學前驅”的山脅東洋通過人體解剖，顛覆了舊有的實際，並寫出了《臟誌》一書。

日本陽明學開初的生長因為遭到朱子學的壓抑而冇能獲得很好的生長，中江藤樹的弟子熊澤蕃三固然竭儘儘力將陽明學傳播到了上層社會，但也冇能竄改陽明學被壓抑的被動局麵。直到德川幕府末期，因為“尊王攘夷”活動的鼓起，陽明學實際務實的精力鼓勵了當時的倒幕派，由此，陽明學呈現了答覆的態勢，垂垂代替朱子學，成為那光陰本的支流思惟。

1838年，聞名蘭學家緒方洪庵在大阪開設傳授蘭學的書院，名為“適齋”，培養了浩繁的人才，如福澤諭言、橋本佐內、大村益次郎、吉田鬆陰、高杉晉作、木戶孝允、伊藤博文等。這些人纔在幕府末期成為倒幕維新的中堅力量，鞭策了日本近代化的過程。

林羅山冇有孤負師父的厚望，他廣招門徒，鼓吹朱子學說。與此同時，他還主動參與幕府的政治活動，製定法律，用其學說幫忙幕府建立起本身的認識形狀體係，從而遭到幕府的高度信賴。在林羅山的儘力下，第三代幕府將軍德川家光統治期間，幕府將朱子學定為官學，並將其推行到官方，幫助林羅山在各地開設專門講授朱子學的書院。

跟著朱子學在日本獲得獨尊的職位，各領國的領主也在本身的領地上建立起了傳授朱子學的書院，這些書院被稱為“藩學”，首要招收領主後代及中高層軍人。而一些下級軍人，為了增加本身的文明涵養，也自發地投入到朱子學學習的行列當中。在這些軍人當中，接踵產生了影響後代的大學問家。