《九陰真經》呈現在江湖以後，引發各路武林人士爭奪。終究當世武功最強的五小我—王重陽、黃藥師、歐陽鋒、段智興、洪七公決定在華山論劍，誰奪得“武功天下第一”的稱呼則《九陰真經》歸誰。顛末七天七夜的比試，王重陽獨魅群雄，獲得了《九陰真經》，但黃藥師也獲得五絕之一“東邪”的稱呼。

八卦方位：東邪常日修習上乘內功時所用的姿式。還稀有招不知其武功名字的招式，想來是淺顯易見的招式。招名為：迴風拂柳、銀河在天。

馮衡為了安撫黃藥師，決定默寫出上卷經籍交給他。但是因為不懂經籍含義，馮衡苦思幾日幾夜寫下了七八千字，終究導致身材衰弱而歸天。

黃藥師深感陸乘風的虔誠和毅力，決定再次收他為徒，並將“旋風掃葉腿法”傳授給他，以助他規複行走才氣。同時，他準予陸乘風將桃花島的武功傳授給陸冠英，這份深厚的師徒交誼令人動容。

第二次華山論劍時，黃藥師三百招內仍冇法擊敗郭靖，自認落敗。厥後，逆練《九陰真經》的歐陽鋒俄然呈現，黃藥師運起“彈指神通”，哪知被歐陽鋒奇特無倫，一口咬住黃藥師的食指。無法之下，連黃藥師隻得默許他“武功天下第一”。

周伯通得知被騙於黃藥師二人，為了製止上卷經籍被盜，他照顧上卷經籍前去黃藥師寓所桃花島催討。但是此時馮衡已經歸天，黃藥師又因周伯通的言語相激，與他展開狠惡交兵，終究打斷周伯通的雙腳，將他困在了桃花島上長達十五年。

旋風掃葉腿有新舊兩版。舊版為一足支地一足連環橫掃數圈，可與落英神劍掌並用。新版為用心創出修習下盤的內功法門，能夠規複行走。這套內功是全數新創，但仍用一箇舊名。

當歐陽克和郭靖爭奪黃蓉時，郭靖在“北丐”洪七公和周伯通的幫部下博得了黃蓉的心。這一幕揭示了郭靖的聰明才乾和仁義之心，也凸顯了黃藥師對女兒的心疼。

九花玉露丸是一種用九蒔花瓣上清展的露水製成的藥丸，調配此藥丸要湊天時季候，極費工夫，所用藥材多屬珍奇。無常丹是猩紅如血的丹藥，桃花島傷藥之最。

“魑魅魍魎，四小鬼各自肚腸”與“琴瑟琵琶，八大王普通頭麵”這對絕對出自黃蓉之口，原為黃藥師所對，當時陳玄風、曲靈風、陸乘風、馮默風四弟子陪侍在側，黃藥師以此與四弟子開個打趣。

在蒙古雄師圍困襄陽之時，郭襄被金輪法王抓走。黃藥師、一燈大師和周伯通三人聯手互助郭靖和黃蓉守城。黃藥師發揮出奇門法術二十八宿大陣與蒙古雄師對抗。厥後，楊過趕到並擊敗了金輪法王，射殺了蒙哥，襄陽之圍終究得以消弭。