宇宙在長久喘氣後，逐步規複往昔的繁忙氣象。各星球貿易來往頻繁，軍校學員們在實戰磨礪下愈發成熟自傲，新研發的科技服從遍及利用於星際摸索與防備，統統看似朝著光亮的方向穩步邁進。

但是，安靜之下暗潮湧動。在一次通例的星際巡查中，一支艦隊不測捕獲到一段奧秘信號，信號源藏匿於一片奧秘星雲以後，時斷時續，披髮著詭異氣味。艦隊批示官不敢怠慢，立即將資訊回傳聯盟總部。吳勝接到陳述，眉頭舒展，直覺奉告他，這或許是新一輪危急的前奏。

思梨與吳勝告急調集聯盟頂尖智囊團，對奧秘信號展開深度分解。顛末數日艱苦解密，世人驚悉，信號背後埋冇著一個名為“暗影議會”的奧秘構造，他們冬眠於宇宙暗處已久，操控著諸多不為聯盟所知的資本與權勢，似在謀齊截場足以顛覆宇宙現有次序的驚天詭計。

合法他們籌辦強行衝破時，四周俄然湧出多量機器傀儡，這些傀儡身形健旺，設備精美，守勢凶悍，刹時將特戰小隊包抄。小隊成員毫不害怕，敏捷展開戰役隊形，靈能與兵器協同發力，與傀儡展開決死鬥爭。在狠惡比武中，一名學員仰仗高深操控技能，勝利衝破傀儡防地，靠近掩體入口，卻觸發了一道強力鐳射圈套，存亡刹時，小隊其他成員拚儘儘力救濟，才讓他險象環生。

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特戰小隊悄悄解纜，仰仗高超的藏匿技能穿越於星際之間。他們循著蛛絲馬跡，來到一顆被燒燬的殖民星球。星球大要荒涼死寂，暴風吼怒，沙塵漫天，但小隊成員仰仗靈敏的感知，發覺到地下埋冇玄機。一番艱钜看望後，他們發明一處埋冇極深的地下掩體，掩體入口防備森嚴，能量防護盾閃動著幽光。

幾近同一時候，多個星球傳來非常陳述：珍稀資本莫名失竊，首要科研設施蒙受不明攻擊，關頭崗亭職員古怪失落……各種亂象皆指向這股奧秘暗影力量。吳勝深知，若不及時揪出幕後黑手，宇宙將再度墮入萬劫不複。

為防暗影議會聲東擊西，吳勝還調派了多支小分隊佯裝打擊已知的可疑據點，分離仇敵重視力。思梨則運用心靈力量，嘗試與被擄走的科研職員建立精力連接，希冀獲得關頭資訊。在掩體內部，特戰小隊步步為營，發明牆壁上刻滿奇特符文，似是某種陳腐文明的遺址，又像是暗影議會的奧秘標識，這統統愈發凸顯出仇敵的深不成測，也讓這場未知的較量愈發撲朔迷離。