調孔亞綱分為鰭龍目和魚龍目。調孔亞綱最早的魚龍在二疊紀晚期發源於杯龍類。

距今約2.5億年前的二疊紀末期，產生了有史以來最嚴峻的大滅儘事件，估計地球上有96%的物種滅儘，此中90%的陸地生物和70%的陸地脊椎植物滅儘。三葉蟲、海蠍以及首要珊瑚類群全數消逝。陸棲的單弓類群植物和很多匍匐類群也滅儘了。

無脊椎植物以筳類、珊瑚、腕足類、菊石、腹足類、雙殼類為主；節肢植物的三葉蟲隻剩下少數代表。

同時因為既有火山活動又有有機質對海水的直接影響，使得二氧化碳含量緩慢晉升，溫室效應敏捷加強，僅僅6萬年的時候，地球均勻溫度由25℃升至33℃，而當時的中國南部淺海（當時的赤道地點）海水溫度達到40℃。

二疊紀晚期獸齒類呈現，是獨一具有外相的獸孔目，分為麗齒類、獸頭類和犬齒獸類。犬齒獸類分化為草食性與肉食性兩類。麗齒獸類是二疊紀晚期的大型肉食性植物。

二疊紀（約2.99億年前——2.51億年前）是古生代的最後一個紀，也是首要的成煤期。二疊紀初期的植物介麵孔與石炭紀晚期類似，仍以節蕨、石鬆、真蕨、種子蕨類為主。二疊紀晚期裸子植物中呈現了銀杏、蘇鐵、尼爾桑、鬆柏類，開端閃現中生帶的麵孔。

二疊紀初期呈現了獸孔目，獸孔目由盤龍目標楔齒龍科退化而來；二疊紀中、晚期演變出熱量調度(溫血植物)，代替盤龍目成為陸地上的上風植物，包含草食性、肉食性兩個分支，體型從小如老鼠(例：羅伯特獸)，體型大的能夠以公噸計算(例：麝足獸)。

多數獸頭類在二疊紀——三疊紀滅儘事件中滅亡。

麗齒獸類初期的體型不大於狗，由二疊紀中期的獸孔目植物演變而來。前期很多麗齒獸類生長到大型狗或牛的大小，有些生長至犀牛的大小。目前已知最大型的屬是狼蜥獸，體型靠近熊，頭骨有45公分長，刀刃狀的牙齒有12公分長。

二疊紀無孔亞綱匍匐植物繁華起來，此中的鋸齒龍類也演變出較大的體型。龜鱉類是它們的後代。盤龍目是二疊紀初期的上風陸地植物。

異齒亞目彆名缺齒亞目、異齒龍亞目。從二疊紀富強到三疊紀。它們大多數為貧乏牙齒的草食性植物。隻要二齒獸類存活到二疊紀晚期，並且成為二疊紀晚期最勝利、大量的草食性植物，在生態位上占有從大型到小型草食性植物的位置，代替了恐頭獸亞目標植食性植物的職位。