不久，鳴人、小櫻跟佐助再度會晤，但佐助卻不領舊情，欲把他們全數殺掉。這時大蛇丸俄然呈現，出奇地禁止佐助殺死鳴人他們，因為大蛇丸以為他們另有操縱代價，可替他多殺掉幾個‘曉’的成員(因為大蛇丸曾是‘曉’的成員，後叛離而同時給‘曉’追殺)。

五十歲時他跟木葉的原盟友·第四代風影締盟，二人同謀進犯木葉，其行動稱為“木葉崩潰行動”。

但後出處於用心研討禁術，並擄走村中忍者作為嘗試工具。令第三代火影及暗部重視上他的古怪行動，終究他叛離木葉，成為叛忍。（當時仍處於全盛期間的三代本欲殺他，但最後於心不忍）

但是，佐助的哥哥，宇智波鼬卻看破了大蛇丸的把戲。

在鼬與佐助大戰之時，鼬使脫手腕，將大蛇丸從佐助的身材裡邊逼了出來，然後用十拳劍將大蛇丸放逐、封印在把戲天下當中，永久冇法超脫出來。

大蛇丸當過馭手洗紅豆的教員，是木葉備受尊敬的忍者，也曾經一度被以為是第三代火影的擔當者。亦曾經擔負根的成員，並招攬了藥師兜成為他的諜報彙集員及得力助手。

他的雙手被封印後，落空了利用忍術的力量（因為絕大部分忍術皆要以手結印和提煉查克拉才氣使出），隻好帶領音忍撤退。

“想要分開這裡，去摸索真諦，去獲得天下的統統嗎？”

在剛獲得風魔一族的必定後收到了來自名為曉構造的來信，大蛇丸赴約後發明瞭天道佩恩的循環眼，在一段棍騙後籌辦盜取佩恩的循環眼，但卻不敵俄然呈現的佩恩六道。當得曉得內具有大量的研討素材後承諾彙集尾獸。

在被封印在把戲空間以後，大蛇丸能夠說已經不存在與忍界當中。他的統統，都被那把十拳劍抹去了。

途中佐井及鳴人一隊卻碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鳴人再度比武，而鳴人卻讓佐井先往尋覓佐助。後小櫻及大和前來援助，大蛇丸不欲戰役而遁去無蹤。

二人交兵時初時不分高低，第三代火影雖被稱為“最強火影”，但因為年老力弱，工夫大不如年青期間，冇法抵擋，隻好利用當年四代目火影封印九尾的忍術——屍鬼封儘，三代目火影用兩個影兼顧將初代火影和二代火影封印，由本身的本體封印大蛇丸，但因為在封印過程中，大蛇丸把持草雉劍重傷第三代火影，終究未能完整封印大蛇丸，隻封印了他的雙手，使之冇法結印。