入郡朝後，他開端隻是“稍曆郡職”，厥後尹端來任太守，他被擢為郡主簿。從縣門下書佐到郡主簿，這是一個極大的奔騰。他被尹端擢為郡主簿，他就是尹端的“故吏”了。兩漢的中心集權不如後代，有先秦遺風，郡吏視郡守為君，郡府是一個小朝廷。

黃巾亂後，董卓之亂，朱儁擊李傕、郭汜，“為傕、汜所破。俊自知不敵，留關下不敢複前”。董卓被誅後，朱儁時在中牟，徐州刺史陶謙、北海相孔融等欲以他為主，同討李傕。李傕用賈詡等人之計征他入朝，他接管了李傕之征，對陶謙等說：“且傕、汜小豎，樊稠庸兒，無他遠略，又權勢相敵，變難必作。吾乘其間，大事可濟”，接管了李傕之征，去了洛陽，陶謙等人遂罷。他對李傕、樊稠的闡發很有事理，但是去了洛陽後卻未能像他說的“吾乘其間，大事可濟”，而是底子就冇做成甚麼事兒，最後被李傕留為人質，氣憤之下，遂病發卒。

再與南陽黃巾戰，他圍宛城百餘日，從六月到八月，三個月不能攻陷宛城，最後朝廷等不及了，決定換將，要治他的罪，他因之“急擊”，斬了宛城黃巾軍之主將。雖斬黃巾軍的主將，仍未克宛城，黃巾軍又擇另一報酬主將，持續守城。朱儁用計，黃巾軍欲降。他說：“納降無以懲惡，討之足以懲惡”，不接管黃巾軍的投降，急攻，成果“連戰不克”，最後又用計斬繼任之黃巾主將，但是宛城仍未完整奪下，不得不再攻之。

“八廚”與“八俊”等都是當世名流，以是名為“廚”，是因為能“以財救人”。他的這個行動獲得了度尚的“奇之”，就像他說的“小損當大益”，被度尚薦入郡朝。

黃巾之亂中，他與波才帶領的潁川黃巾軍戰，大敗。波纔等黃巾軍的將領是冇有太多軍事知識的，這從皇甫嵩用火攻將之擊敗便可看出，饒是如此，朱儁仍然首戰大敗，這此中固有他兵少、所帶之兵大部分是臨時招募來的原因，但亦可見他的軍事才氣並非太好。

兩漢入仕是征辟，孝廉就相稱於進士，有了孝廉的身份加上他此前為尹端的馳驅，他今後的宦途就青雲直上了。“再遷”，兩次升遷後朱儁即主政一方，為“蘭陵令”，當上了縣令。令，是大縣的長吏，六百石到一千石的品秩了。