在練兵方麵，《紀效新書》特彆誇大按實戰要求從難從嚴練習，反對隻圖都雅的花架子。以為“設使常日所習所學的號令營藝，都是照臨陣的普通，及至臨陣，就以常日所習者用之，則於操一日，必有一日之效，一件熟，便得一件之利。”（《紀效或問》）並攻訐不按實戰要求的練習體例是“虛套”，“就操一千年，便有何用，臨時還是生的。”鋒利指出“各色器技營陣殺人的活動，豈是都雅的。”（《紀效或問》）“凡技藝，不是承諾官府的公事，是你來從戎防身建功殺賊拯救本身上貼骨的活動。你技藝高，決殺了賊，賊如何又會殺你。你技藝不如他，也決殺了你。若不學技藝，是不要性命的白癡。書中規定：“凡比較技藝，務要俱照示學習實敵本領，真可對搏打者，不準仍學習花槍等法，徒支虛架，以圖人前美妙。”（《比較篇》）正視號令練習，規定：“各便宜簡明號令，合行刊給，各於長夜，每隊相聚一處，識字者自讀，不識字者就聽本隊識字之人教湧講解，務要記熟。”要求將士“耳隻聽金鼓，眼隻看旗號”，“大師共作一個眼，共作一個耳，共作一個心。”（《號令篇》）正視平時養成練習，以為“操兵之道，不獨執旗走陣於場肆而後謂之操，雖閒居坐睡玩耍亦操也。”（《紀效或問》）他還以為，練習畢竟與實戰有所不同，常日非常技藝，臨時如用得五分，便可勝利。“開大陣，對大敵，比場中較藝擒捕小賊分歧。堂堂之陣，千百人列隊而前，勇者不得先，怯者不得後，叢槍戳來，叢槍戳去，亂刀砍來，亂殺還他，隻是一齊擁進，轉手皆難，焉能容得擺佈動跳；一人轉頭，大眾同疑，一人轉移寸步，大眾亦要奪心，焉能容得或迸或退。”（《紀效或問》）

《紀效新書》“乃集所練土卒條目”彙輯而成，近似軍中各種條例條令的彙編。在這些條目中，比較充分地反應了戚繼光在東南本地抗倭時練兵、作戰的思惟。他針對當時“浙兵”*，戰役力低下的狀況，起首誇大要從嚴治軍，提出了創建虎帳、選兵、練兵的三步曲，並製定了清算軍隊的六條辦法：“一曰首正名分，使批示千百戶旗軍丁舍，秩然有序，而衛所之號令，必行於高低；二曰拿治剝軍贓官，以蘇久困之卒，使士氣漸裕；三曰重治刁軍刁官，使衛所之官，勇於任事；四曰禁所伍越序公牘，無印白呈，以肅軍政；五曰諭以忠義，厚恤戰亡，以勸親上使長之念；六曰清磨戶口，均編差役，以養荷戈之力。”（《新任台金嚴請任事公移》）他主張“恩威兼著，情法相融。中有梗玩者，重治以警其他。”（《紀效或問》）他還形象的把嚴肅比作舟，把恩信比作舵，以為“載人者舟之功，而能夠使之載者則舵也。”（《柬伍篇》）