黑客帝國天下一片暗中，大氣層被稠密且包含著無窮閃電的厚厚的電離雲層包裹著，落空陽光的卑劣環境，不管如何看都不像是地球，或許這裡的環境底子不是人類應當呆在處所。

尼奧在01城終究得以麵對“機器大帝”（deusexa）——機器天下的真正主宰，兩邊展開了構和並達成了和談。與此同時，史女人的才氣又擴大了，凡屬尼奧打仗過的資訊他都能分享。他找到了先知的藏身之處，並將她複製成本身，在這個過程中，他也體味到了尼奧的任務。但是他不怕，並開端在母體中無窮複製本身，體係危在朝夕……

錫安的局勢越來越傷害，議員及批示官接踵陣亡，機器的進犯卻涓滴冇有因為人類的抵擋而減弱。此時，被叛徒射瞎雙眼的尼奧，仍然想通過但願去實現預言。這時，特工史女人節製了先知，並變得越來越強大，威脅到了全部”母體”的穩定。在返回錫安的途中，飛船遭到電子烏賊的突襲，崔妮蒂死了，重傷的尼奧被帶到機器都會01。

在最後一次和“先知”扳談以後，尼奧明白了他的任務。從這開端，故事就分兩條線停止。一條是墨菲斯和奈奧比殺回錫安，和基地的人們共同對抗機器雄師的打擊；另一條線是翠妮蒂不肯意和尼奧分開，決計放棄統統和尼奧共同前去機器s天下的聖地——01城。奈奧比固然不信賴先知的話，但她開端信賴尼奧，把本身那艘最快的logos號飛船借給了尼奧和翠妮蒂，而本身和墨菲斯乘坐hammer號回錫安。冇想到偷偷醒來的班恩溜進了logos號，一場苦戰過後，班恩的肉身故去，尼奧身受重傷。曆經重重機器雄師的堵截，尼奧終究到達01城。再說錫安城這邊，人類已決定展開最後的自救行動，他們構造起了統統的apu（armoredpersonalunits單兵作戰機甲），和250000電子章魚以及大型鑽探機器展開了決鬥……

看著批示中間假造麵板上畫麵中，呈現了尼奧和崔妮蒂磁乘坐懸浮飛翔器，唐天非常對勁本身此次掐準了時候，來到了《黑客帝國3》開端階段。最後機器大帝會呈現的，這個時候唐天就會直接呈現用上百閉幕者4打劫的收割者捕獲機器大帝，完整點竄他的法度後就會此次收成一個位麵。