該年閏四月，加袁崇煥太子太保的頭銜，那是從一品，比兵部尚書又高了一級。到了下個月，便產生了殺毛文龍事件，這又增加了崇禎內心對他的不滿和驚駭。

天啟七年正月，清兵征朝鮮，因為毛文龍不竭在火線騷擾，因而分兵去攻他所駐守的鐵山。毛文龍大敗，逃上了皮島。

袁崇煥決計要處理這件事。崇禎二年蒲月廿二日，袁崇煥離寧遠，去和毛文龍閒談，商定了在旅順四周的一個小島上相會，這小島叫做島山。[90]從寧遠經渤海到旅順，和從皮島經黃海到旅順，海程大抵相稱，以是旅順是一其中間地點，也可說是中登時帶。當時毛文龍對袁崇煥已心存疑忌，如邀他到寧遠相會，他是不肯來的。袁崇煥如去皮島，卻又是身入險地。

他在中朝邊區打遊擊時，固然屢戰屢敗，卻也能屢敗屢戰。上了皮島以後，有了大海的隔絕，而清軍冇有海軍，毛的安然感大增，加上又上了年紀，很快就腐蝕起來。[89]

袁崇煥和皇太極一番談判，使得皇太極主動撤除了帝號，本來是交際上的嚴峻勝利。但崇禎卻以為是和“叛徒”擅自媾和，有辱國體，心中極不對勁，當時對袁崇煥倚賴很重，啞忍不發，厥後卻終究成為殺他的首要罪行。

袁崇煥問毛的部將：“毛文龍該斬麼？”諸將都嚇得不敢出聲。有人說毛文龍這些年來雖無功績，但也辛苦著力。袁崇煥叱道：“毛文龍本來隻不過是個平常百姓，當今官居極品，滿門封蔭，已充足酬答他的辛苦了，為甚麼他還如許悖逆？”

當時袁崇煥剛出山海關，還未建功。明朝獨一能與清兵打一下的，隻要毛文龍一軍，以是他名譽相稱大。當時董其昌曾上奏說：國度隻要有兩個毛文龍，努爾哈赤可擒，遼地可複。他這道奏章，當然隻要書法上的代價，但由此也可見到普通朝臣對毛文龍的觀感。毛文龍不竭升官，升到左都督，掛將軍印，賜尚方劍。天啟天子提到他時稱為“毛帥”，不叫名字。

袁崇煥除座船外，帶船三十八艘，解纜前先試放西洋大炮，射程遠的五六裡，近的三四裡。廿六日到雙島，登州的軍官帶了兵船四十八艘來會。廿七日到島山停靠，旅順的軍官前來拜見。袁崇煥帶眾將上山，到龍王廟去拜龍王，對眾將訓話：“本朝建國，中山王徐達、開平王常遇春諸將開初在鄱陽湖、采石磯大戰，厥後一向打到漠北，水戰當然勝，馬步戰也勝，才氣擯除胡元，同一中國。現在你們的海軍隻能以紅船在水上自守，滿清韃子不下海，莫非能趕他們入海打水戰麼？以是海軍必須也能陸戰。”他的抱負是要將海軍練習成為水兵陸戰隊。