元王朝的前江南禦史台變成了朱元璋作為江南行中書省領袖的官邸，同年7月，他又在南京建立了行中書省和行樞密院。

朱元璋決計迎戰，他要誘陳友諒登陸，並引陳友諒去指定地點，打伏擊戰。等陳友諒的海軍到了大勝關，這裡港汊太窄，大船不能停靠，他又怕趕上埋伏，因而命令向長江返航。

1362年3月，朱元璋返航南京。

因陳友諒和朱元璋之間的情勢產生竄改，張士誠開端復甦，他敏捷派兵包抄太湖東南邊向的長興，誘使常遇春前去救濟。

或許苗軍是受了吳軍的調撥和支撐，在朱元璋回南京的時候，他在浙江的政權已經岌岌可危了。

長江流域的各方權勢此消彼長，北方的民兵元帥們也呈現了新舊瓜代。元政權默許的最大的盤據軍團領袖察罕帖木兒滅亡，他的侄子擴廓帖木兒整合了他的權勢強勢鼓起。

1364年明軍改製，在明軍中退役的老兵，即朱元璋在攻打陳友諒的時候親身帶領過的主力兵士被分撥成17個衛，這個個人的老兵被準予能夠完整退休。其他軍隊的人則被派去南京地區搞軍屯，明軍在春季裡停止休整或勞動。在此以後，朱元璋本人不再賣力詳細的軍事批示事情。

明朝天子及其官員管理的版圖空前廣袤，自明朝伊始，中國本土的東北、北部和西北部的邊疆地區都駐守著明軍，從亞洲要地的哈密到偏僻東北的黑龍江和朝鮮邊疆，都能感遭到明朝行政力量的存在。

1363年10月30日，陳友諒在湖口被射殺身亡，他被箭射穿了眼睛。

1360年，明軍強大的諜報分子彙報陳友諒殺死趙普勝並籌算東擴、打劫明政權安徽南部國土的資訊，那是常遇春在1357年霸占下來的池州，陳友諒籌算光複它。

洪武三年，朱元璋為他的三十四名將領們冊封，這些人都幫忙或者說他們合力成績了朱元璋建立大明王朝的昌大功業。

胡美與朱元璋達成共鳴，但他冇能壓服他的部下，胡美本人厥後於大明建朝後被冊封。

等朱元璋毀滅陳友諒班師回朝的時候，其他二流的武裝盤據政權反應各有分歧，這些人包含果斷和朱元璋做對的陳有定，四川的明玉珍情願和明政權締結友愛盟約，而方國珍則給朱元璋進貢，朱元璋在接管貢品的同時，向方國珍下發最後通牒：等明軍攻占杭州，你在規定的日子內昂首稱臣。