1948年9月，方纔重修的88師在錦州被全殲，師長黃徵被俘。

1947年5月，71軍在北援懷德途中，在大黑林子地區遭到束縛軍毀滅性打擊，88師幾近被全殲，87師也遭到重創。但是僅僅一個月後的6月，87師和88師再次顯現了精銳主力的本質，作為四平防備的中堅（四平守軍為87師全數、88師餘部、13軍54師兩個團和六個保安團等部），頂住體味放軍七個步兵師和兩個炮兵團的猛攻，死守四平十五天，直到救兵達到。

最後閉幕

原稅警總團第4團團長孫立人從香港治傷返國後，以稅警總團在淞滬會戰中的5000傷愈傷員為根本組建財務部緝私總隊，孫立人任隊長，齊學啟任參謀長。1939年緝私總隊規複稅警總團番號，並在貴州都勻和四川五通橋等地重新停止整訓，這一稅警總團的名聲要遠比老稅警總團清脆很多，人們印象中的稅警總團就是指這支軍隊。總團長孫立人，副總團長齊學賢，參謀長何鈞衡，下轄五個團又五個獨立營以及直屬間諜團、學兵團等單位。

1938年5月下旬第46師在27軍建製內插手豫東作戰，日軍第14師團集合儘力猛攻27軍在楊固集、雙塔集一帶的防地，27軍此時既無士氣也無戰力，陣地很快被日軍衝破，桂永清竟不思反擊反而率部退向開封，隻是號令配屬作戰的88師代替106師戍守蘭封，88師師長龍慕韓竟步桂永清後塵於5月23日私行放棄蘭封，使日軍不費吹灰之力進占計謀重地蘭封。德式榜樣師竟如此表示，實在令人痛心疾首！蔣介石聞訊後嚴令48小時內必須光複蘭封。國軍71軍、74軍、64軍和27軍儘力反擊，血戰兩天後於27日光複蘭封，苦戰中46師再無昔日的赫赫虎威，三個旅長一死兩傷（教誨總隊改編而成的138旅旅長馬威龍陣亡），團長傷亡各二名，營長陣亡九名，全師傷亡達5000餘人，卻毫無戰績可言，光複蘭封及四周要地的功績均歸於71軍和74軍。是以戰後88師長龍慕韓被處決，成為抗戰中第一個被處決的嫡派將領，桂永清和李良榮均被奪職，第27軍番號撤消，第46師僅剩3000多人，曾經顯赫一時威風八麵的教誨總隊根基已難覓其蹤。46師的殘部跟著胡宗南的第17軍團西撤，隨後順理成章地被胡宗南整編。1938年11月胡宗南體係的黃祖勳出任師長，下轄第136旅和第138旅。1944年1月該師劃歸第57軍，1945年2月華南地區國軍整編，第57軍被裁撤，第46師也隨之遭到裁撤的運氣，所部官兵補入第54軍第8師。