合編以後的新第46師師長為原教誨總隊總隊長桂永清，副師長李良榮(原航校間諜團團長)和周振強（原教誨總隊副總隊長）。第46師下轄第136旅、137旅和138旅，此中教誨總隊殘部編成第138旅，由馬威龍（原教誨總隊第3旅旅長）任旅長。2月桂永清升任第27軍軍長，師長遺缺由李良榮接任。

而雨花台地區的88師合法日軍打擊鋒芒，遭到日軍兩個師團主力和坦克、飛機的協同猛攻，第一線工事全數毀於炮火，守軍死傷甚重，被迫退守二線陣地。

9日上午，突入光彩門的日軍第9師團開端進犯87師260旅在工兵黌舍的陣地，仰仗灼烈火力援助於10時攻占工兵黌舍，進而日軍坦克軍隊開端以坦克炮火力直接轟擊城垣，乃至另有小股日軍先頭軍隊已突入城垣。衛戍司令部一麵調預備隊憲兵第2團聲援，一麵嚴令87師構造反擊。87師副師長陳頤鼎批示261旅和269旅各一部從通濟門、天國村向日軍側後反擊，顛末幾次苦戰，終將光彩門一線日軍擊退，重新奪回工兵黌舍。但仍有少數日軍暗藏在光彩門城門洞內。

教誨總隊從南京撤退以後，在武漢收留零散官兵，彌補新兵，以儲存在火線堆棧的兵器停止重新武裝。1938年1月，軍政部將在淞滬會戰中喪失慘痛的湘軍體係的第46師停止重新整編，將該師部分官兵併入第11師與第61師，以師部及所剩下的官兵與教誨總隊的殘部合編成新的第46師。至此，中心軍校教誨總隊番號不複存在。

因為從淞滬疆場撤退時，構造混亂，本來依托吳福線、澄錫線等預設國防工事停止逐次防備的打算全數落空，加上各軍隊在淞滬會戰中喪失慘痛，撤退中又建製寥落，戰役力大不如前，是以百姓當局最後打算隻利用不超越13個團的兵力在南京地區作意味性抵當，主力持續後撤以儲存有生力量。但是練習總監唐生智卻力主死守，最後百姓當局統帥部決定恪守南京一至兩個月，以唐生智為都城衛戍司令長官，批示南京防備。

設備德製輕型坦克的戰車第3連除3輛在戰役中損毀，其他全數在撤退中丟棄喪失。

1938年5月下旬第46師在27軍建製內插手豫東作戰，日軍第14師團集合儘力猛攻27軍在楊固集、雙塔集一帶的防地，27軍此時既無士氣也無戰力，陣地很快被日軍衝破，桂永清竟不思反擊反而率部退向開封，隻是號令配屬作戰的88師代替106師戍守蘭封，88師師長龍慕韓竟步桂永清後塵於5月23日私行放棄蘭封，使日軍不費吹灰之力進占計謀重地蘭封。德式榜樣師竟如此表示，實在令人痛心疾首！蔣介石聞訊後嚴令48小時內必須光複蘭封。國軍71軍、74軍、64軍和27軍儘力反擊，血戰兩天後於27日光複蘭封，苦戰中46師再無昔日的赫赫虎威，三個旅長一死兩傷（教誨總隊改編而成的138旅旅長馬威龍陣亡），團長傷亡各二名，營長陣亡九名，全師傷亡達5000餘人，卻毫無戰績可言，光複蘭封及四周要地的功績均歸於71軍和74軍。是以戰後88師長龍慕韓被處決，成為抗戰中第一個被處決的嫡派將領，桂永清和李良榮均被奪職，第27軍番號撤消，第46師僅剩3000多人，曾經顯赫一時威風八麵的教誨總隊根基已難覓其蹤。46師的殘部跟著胡宗南的第17軍團西撤，隨後順理成章地被胡宗南整編。1938年11月胡宗南體係的黃祖�