第三部該部於1937年8月20日建立。先為掌財務金融，後改掌國防產業。8月20日任命孔祥熙為部長。9月11日任命翁文灝為部長，錢昌照、俞大維為副部長.1938年1月該部歸併於經濟部及其地有關各部。

按照軍令部構造法，該部下轄工兵批示部、炮兵批示部、通訊兵批示部、戰史編輯委員會，通訊總所、技術室、各省測量局、各種測量隊、陸軍大學暨參謀班、中心陸地測量黌舍暨分校、邊務研討所、重慶核心陣地參謀團、特種兵器嘗試組、通訊職員練習班、諜報參謀練習班等。工兵批示部掌普通工兵的利用打算與作戰指導，獨立工兵的批示；工兵軍隊的編組、整補、練習、考覈：工兵技術的設想改進；預備陣地的窺伺、永久工事位置的算勘及功課指導等事件.炮兵批示部掌各戰區有關炮兵的利用打算及考覈各炮兵軍隊的戰役批示、整補、練習等事件.通訊兵批示部掌統統通訊兵利用的打算與指導；通訊兵的調查分撥；研討關於通訊兵的利用對策及技術設想等事件.戰史編輯委員會掌戰史的編輯及編譯事件。各省測量局掌各省測量及其行政事件：各種測量隊掌測量事件.陸軍大學掌高檔軍事教誨,中心測量黌舍掌測量教誨：邊務研討所掌邊務教誨。重慶核心陣地參謀團掌重慶核心工事的打算並監督實在施事件。特種兵器嘗試組掌水雷及江湖梗阻兵器的研討事件。通訊職員練習班掌諜報通訊教誨。諜報參謀練習班掌諜報參謀教誨。

3、軍令部

1938年1月軍事委員會對所屬停止改組．將gm當局練習總監部改成軍訓部。2月16日任命白崇禧為部長。3月1日任命劉土毅、陳擔當為次長。7月16日陳擔當調任中心軍校教誨長．調黃琪翔接任次長該部掌天下陸軍練習、清算、校閱；軍事黌舍教誨扶植改進；百姓兵教誨打算、校閱.

侍從室的構造,除原已建立的各處、組外，1938年在武漢又建立了第六組，附屬第二處，同時也受第一處帶領，綜理統統特工構造的諜報停業，派唐縱任組長。

大本營對於作戰指導，以達成“耐久戰”為大旨，是以將軍令、政略、財務、經濟、鼓吹、練習劃爲6個部，分擔負務，各應本大旨，適切應用，緊密聯絡，俾獲最後之勝利，為共同分歧最高之原則.

軍法司1937年9月軍事委員會軍法履行總監部建立，將該司所屬軍法處併入軍法履行總監部審判組，仍由軍法司職員兼辦：該司司長仍為王震南：