黑衣構造首要成員。本名宮野誌保。構造中的科學家，藥物APTX4869的製造者。據琴酒所言是“在構造裡算是少數腦筋頂尖的人”。但在構造殛斃她的姐姐宮野明美後以停止研發以示抗議，被構造囚禁時服下APTX4869他殺，卻身材規複幼年並逃出構造。化名灰原哀，阿笠博士將之收留。

基安蒂Chianti，科恩Korn

日本公安差人派入構造的臥底，本名降穀零，化名安室透。人稱“奧秘主義者”。曾在小時候與宮野艾蓮娜有過打仗。大要職業為私家偵察，並在波洛咖啡廳打工，拜毛利小五郎為師。對柯南的身份產生了興趣。與赤井秀一相互惡感，曾假裝成傷疤赤井來摸索FBI，後推斷出赤井未死及赤井假扮為衝矢昴活動。

貝爾摩得（Vermouth，ベルモット，又譯苦艾酒）

黑衣構造成員，操關西口音的大漢。在一次和滿天國公司職員買賣時因拿錯箱子而被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓打仗過。

臥底

CIA派入構造的臥底，本名本堂瑛海，化名水無憐奈。伊森·本堂的女兒，本堂瑛祐的姐姐。大要身份為日賣電視台主持人（重回構造後已辭職）。在於一次暗害政要的行動中遭受車禍，被FBI當作真正構造成員擒獲，一向在病院昏倒。復甦後FBI才得知其身份，將她送回構造持續完成任務。

黑衣構造培養的殺手，但因達不到預期要求，而被送到宮野誌保處作為藥物嘗試工具。在嘗試前逃竄，後製造了連環殺人案，被捕。

黑衣構造首要成員，常常和伏特加一起呈現。是最早退場也是最首要的構造成員之一。銀色（初期為金色）長髮，左撇子。刻毒殘暴，腦筋沉著，彷彿能夠毫不躊躇地殺死任何人。常常履行各種暗害和斷根構造內奸的任務，自稱從不去記殺掉的人的姓名和長相。是給新一灌下APTX4869使其身材變小的禍首禍首。愛車是玄色的保時捷356A。

宮野明美化名廣田雅美

已滅亡

基爾/水無憐奈/本堂瑛海

皮斯克Pisco，即枡山憲三

FBI搜尋官，真名赤井秀一，宮野明美的男友。曾化名諸星大，靠近宮野明美並依托誌保的人際乾係打入構造內部，臥底三年。期間獲得Boss賞識並獲得代號“Rye”。因FBI搜尋官安德雷·卡邁爾的失誤導致赤井身份透露並離開構造，並導致宮野明美被琴酒殛斃。Boss稱之為能夠射穿構造心臟的銀色槍彈。為了幫忙重新回到構造臥底的水無憐奈棍騙琴酒的信賴，假裝中彈身亡。以後以衝矢昴的身份呈現，暗中庇護灰原哀。