祥興二十年，趙昺著令兵部製定軍事要輿圖譜，對禁軍和州軍停止整編，擴大騎軍，加強邊防兵力。經多番研討後，儲存八個軍的禁軍，炮軍擴編為五個師，騎軍十個師，水軍儲存大小艦船千艘，遠征軍得以持續儲存作為計謀支救兵。本地州軍縮編為旅，編餘兵力加強到邊防軍。

與此同時，開端安插撤兵，第一軍和炮一師駐留多數，戍守山南、山北諸州；第二軍開赴真定鎮守；第全軍開赴長安鎮守；第四軍前去山東；第五軍前去山西；第八軍仍回襄樊；第十二軍和十全軍搭乘海船返回駐地。

祥興十九年，在趙昺主持下停止行政地區鼎新，大宋全境共重新打算為二十個省，一百餘府、千餘州（縣），構成中心、省、府、州（縣）四級行政辦理機構。

太上皇駕崩後，趙璟遵遺言將其仍葬於紹興皇陵，伴於楊太後陵寢旁，周邊陪葬著與其一起打天下的祥興舊臣。

將開戰後編成的十數個保安旅改編為邊防軍分赴宣德、開平、寧德等沿邊重鎮戍守。第一水軍留駐直沽，保衛海防和海運通路。陸戰隊各自規建，工程師則賣力在沿邊修建戍堡，操縱枯水季修通大運河至多數城內的運河。安插結束，行駕乘舟沿運河南下還都，至此第二次北伐勝利結束……

不過破城後所獲亦是甚豐，僅糧食就獲得百萬石之多，從舊朝勳貴手中收繳金達三十萬兩之巨，銀兩千餘萬兩，珠寶器皿無算，可見蒙元官員貪腐之盛。而宮中也尚存有大量寶貝，此中不乏女真當年打劫汴京皇宮，蒙元強搶臨安皇宮中的舊物，這讓趙昺不由感慨世事弄人啊！

固然臨時跑了鐵穆耳，但城中的剿滅戰役還是有條不紊的展開，至傍晚大的戰役已經結束，各處火情被毀滅，城中隻要零散的槍聲響起，除了巡城的軍卒腳步聲，野狗的偶爾吠叫聲，昔日繁華的都會墮入了沉寂，彷彿一座死城普通。

江南人丁增加日趨，耕地不敷，趙昺下旨江浙人丁北遷河北、河南，湖廣人丁充分川蜀；又遷山西之民前去陝甘寧地區。將歸附的蒙前人丁安設在沿邊，並置州縣辦理，將草場分與諸部，各部間不得相互擾亂。

眾臣此時也才知陛下對蒙元朝廷滲入之深，運營之久，連內廷總管都為其收伏，為己所用，如此蒙元大汗的一舉一動都在其的把握當中，有這等助力豈能不堪。大師再看向天子的目光除了佩服，也多了畏敬。

祥興二十二年，陸秀夫等老臣請辭致仕，趙昺以文天祥入主中書省、江璆支撐尚書省，陳則翁入門下省，林之武、蔡喬、莊公從等人入京進入六部任職。