憲宗破天荒冇有像之前對重臣要求致仕那樣一概挽留，而是批準了商輅的致仕，說道：“卿曆練老成，朕方倚任，但自陳衰朽，力求退休，特茲俞允，以遂優閒。升少保，仍賜敕給驛回籍。”

商輅搖點頭，說道：“奸佞惑主，乾坤不明，他項忠、楊信等人被誣告，招致此等了局，但是萬歲對待功臣之法！萬歲，您睜睜眼啊！莫叫那奸佞小人給勾引了去，誤國誤民！”

兵部尚書項忠稱疾請辭，成化帝應允。未幾時，給事中郭鏜、禦史馮貫等揭露項忠牽涉到楊曄一案中，並由此連累到項忠之子項經、興寧伯李震、彰武伯楊信等。

因著災異不竭，南京監察禦史戴縉上了奏疏，言近年以來災異不竭,敕諭廷臣修省,未聞大臣進何賢，退何不肖，亦未聞群臣祛何稗政，效何嘉猷。獨占寺人汪直訪拿奸惡,懲辦貪贓,允協公論，足以警服世人,伏望陛下推誠任人,使宿弊儘革，則天意可回。

仁壽太後莊戶與民爭田，憲宗想要徙民於塞外。商輅說道：“天子以天下為家，安用皇莊為？”事情因而作罷。

西廠雖罷，汪直受重用仍舊，憲宗仍密令其出外敕事。適有南京監察禦史戴縉九年秩滿，但未獲得升遷，因而便死力奉迎憲宗和汪直。他假借天有災異上疏複設西廠。憲宗大喜，遂於成化十三年（1477）六月十五日詔複設西廠，以錦衣衛副千戶吳綬為鎮撫。汪直的勢焰今後更盛。吳綬曾從項忠征討荊襄流民叛逆，因罪被劾，此時得誌，遂懷抨擊之心，而項忠曾倡九卿彈劾汪直，吳綬又是汪直之親信，遂迫使項忠不得以治病為名要求回家。項忠未及解纜，吳綬又指令東廠賣力偵事的官校誣奏項忠，又教唆給事中郭鏜、禦史馮貫等揭露項忠違法，並由此連累到項忠之子項經、寺人黃賜、興寧伯李震、彰武伯楊信等。憲宗命三法司、錦衣衛會審，項忠力辯辯駁均無濟於事，被革官為民，黃賜、李震等亦開罪。左都禦史李賓也因獲咎汪直而被奪職。大學士商輅自知處境維艱，遂要求致仕，憲宗許之。今後，其他朝臣更不敢與汪直抗爭。如此也動輒開罪，而與汪直相勾搭的王越卻官升兵部尚書兼左都禦史，陳鉞為右副都禦史巡撫遼東。

商輅還不依，兩人說著說著就狠惡起來，直到商輅說道，如若不封閉西廠，他就去官回籍。成化帝想到此前內閣連著六部九卿逼宮一事，回身從案子上拿起一本冊子，一下子摔到商輅腳前，說道：“汪直對你到處包涵麵，前番也隻是懲辦了黃賜、陳祖生等人，卻從未曾對你動手，你當是他為何？他是記取你是肱骨之臣。固然，這收受楊曄賄賂一事，你是不知，可這是你子侄收的，若他汪直真將這名冊報與我，商公能滿身而退！”